不起诉作为一种重要的案件处理方式，在适用方面一直存在着诸多的问题。根据我国《刑事诉讼法》的规定，不起诉有三种分类：相对不起诉、法定不起诉和存疑不起诉。由于1996年《刑事诉讼法》背景下，法定不起诉制度的不完善，检察机关又通过法律解释创设了另一种案件处理方式，即撤回移送审查起诉，作为法定不起诉制度的补充，其实质是一种变通的不起诉。本文通过实证分析的方式，对我国1996年《刑事诉讼法》相对不起诉、法定不起诉、存疑不起诉、撤回移送审查起诉等不起诉适用问题进行了深入调查研究，以期为未来不起诉适用问题的解决提供思路。　　本文除引言外，正文共分为四个部分，约三万字。　　第一不部分为宏观考察部分，旨在通过对全国不起诉整体情况的分析，发现并提出问题。从2002年到2008年，我国的不起诉与撤回移送审查起诉总体情况呈现出不起诉率遍低，撤回移送审查起诉被大量适用的局面。此外，从数据上可以看出，我国自2007年以来，法定不起诉和存疑不起诉的适用呈现出快速增长的态势。然而结合我国西部某直辖市2007年到2011年不起诉的情况，发现在该直辖市，虽然相对不起诉适用率偏低与撤回移送审查起诉被大量适用的情况基本与全国数据相吻合，但法定不起诉和存疑不起诉较低的适用率明显与全国数据存在冲突。于是可初步得出结论：我国不起诉的适用存在相对不起诉适用率低下、法定不起诉和存疑不起诉适用混乱、撤回移送审查起诉被滥用等问题。　　第二部分为微观调查部分，旨在以微观调查的方式深入分析不起诉适用问题的原因。从对某直辖市某区检察院，2003年到2011不起诉适用情况的调查得知：（1）相对不起诉适用率偏低的原因主要来自不起诉内部审批机制繁琐、相对不起诉法定标准模糊、过度追诉的办案思维影响以及相对不起诉后社会效果欠佳等几方面；（2）法定不起诉与存疑不起诉适用混乱，就捕后案件而言，主要源于绩效考核办法的不合理，而在直诉案件中，则是因为存疑不起诉适用条件不明确和便宜的撤回移送审查程序，二者因素相结合造成的对法定不起诉和存疑不起诉适用的规避。通过对撤回移送审查起诉运作情况调查，发现检察机关除了直接将案件“退处”外，退回补充侦查制度也衍化成了一条重要的撤回移送审查起诉渠道。而这些问题，从理论角度出发，主要是由我国检察官缺乏独立的不起诉权、对审前环节“程序倒流”缺乏监督、不起诉运行机制有缺陷等因素造成。　　第三部分对2012年《刑事诉讼法》对未来不起诉适用的影响进行评述。2012年《刑事诉讼法》对刑事强制措施和不起诉制度进行了修改，主要有：完善了逮捕条件，增强了取保候审和监视居住的替代功能，同时，撤回移送审查起诉被部分取消，相对不起诉适用方式有所增加，存疑不起诉制度得到修正，这些举措无疑对我国未来不起诉适用的改善有积极的作用。但2012年《刑事诉讼法》基本保留了检察机关原有的不起诉审批机制，退回补充侦查制度和法定不起诉制度亦未作修改，且通过2012年《人民检察院刑事诉讼规则（试行）》保留了检察机关在自侦案件中撤回移送审查起诉做法，不起诉适用问题的根本解决仍面临重重阻碍。　　第四部分旨在为解决我国不起诉适用问题提出建议。对我国不起诉适用完善，应当坚持循序渐进的原则。在直诉案件数量快速增长的态势下，应以直诉案件为突破口，加强对直诉案件的监督，扩大相对不起诉在直诉案件中的适用。改善不起诉适用，在检察机关内部，还应革新办案理念，改革绩效考核办法，加强对案件退回补充侦查的监督以及进一步简化不起诉审批机制。对于近年来正在建设或试点的轻微刑事案件快速办理机制、检察机关案件指导制度以及相对不起诉帮教制度，要加快建设的步伐，以为不起诉适用状况改善，提供制度上的支撑。