目的本课题围绕“野生动物携带的新发传染病病原体”这一主题展开研究。当今社会出现的新发传染病中,部分病原体来自于野生动物,尤其是来自高原和热带等特殊地理环境和气候的野生动物。这些野生动物还可能携带未知病原体,如若这些未知病原体感染人类,并在人群中传播,可能造成重大公共卫生事件。基于上述原因,本课题利用培养组学方法开展高原野生动物源性未知细菌和病原体的研究,对已知病原体进行基因组分析,研究其在人群中潜在传播能力和传播机制;对未知菌种进行菌种鉴定和基因组分析,除了利于发现新的病原体,研究动物传染源的传染途径及传播机制,还有助于拓宽对青藏高原野生动物粪便（肠道）菌群多样性的认知,并提供重要的菌种资源。方法1.使用KF链球菌培养基选择性分离藏原羚携带的肠球菌,采用生化鉴定、16S rDNA、rpoA基因序列比对方法,鉴定海氏肠球菌。使用K-B纸片法进行药敏试验;使用COGs、SwissProt、CARD和VFDB等数据库对基因组进行分析;采用MUMmer和Tree Best软件构建SNP系统进化树图。2.使用哥伦比亚培养基培养200份喜马拉雅旱獭肠内容物,根据菌落的形态多样性（颜色、大小、边缘齐整状况、湿润程度）挑取单菌落进行纯化培养。通过16S rDNA、rpoA、pheS基因序列比对初步鉴定为乳杆菌疑似新种,随后使用系统发生学分析、形态学、生理生化和细胞化学成分等分析,明确分类学地位,基于COGs、KEGG和NR等数据库对基因组进行分析,最后完成疑似新种特征的研究。结果1.藏原羚携带海氏肠球菌的分离、鉴定和基因组特征分析。（1）经过生化分析、16S rDNA、rpoA基因序列等方法证明,从15份藏原羚粪便样本分离到2株海氏肠球菌与医院环境分离的菌株不同。（2）药敏试验显示,这2株菌对13临床常用抗生素不耐药。搜索CARD和VFDB数据库,未发现耐药基因,但携带一个由11个基因组成的荚膜基因簇。（3）基于SNP的系统发生学分析显示,这2株海氏肠球菌与动物源性菌株进化关系最相近,但处于两个进化分支上。2.喜马拉雅旱獭中分离的乳杆菌新种鉴定。（1）菌落形态:菌落在哥伦比亚培养基上呈现白色、粗糙、边缘不规则、圆形凸起。菌体为革兰氏染色阳性,长杆状。（2）基因水平鉴定和系统进化分析:菌株HT111-2T16S rDNA序列（1546 bp）与Lactobacillus hamsteri JCM 6256T（97.3%）和Lactobacillus amylolyticus DSM 11664T（97.2%）相似性最高,HT111-2T和HT170-2的16S rDNA基因序列相似性为99.0%;与L.amylolyticus DSM 11664T和L.hamsteri JCM 6256TrpoA和pheS基因序列相似性分别为91.4%、92.4%和82.3%和84.2%。16S rDNA、rpoA和pheS基因系统进化分析均显示HT111-2T和HT170-2属于乳杆菌属。HT111-2T与乳杆菌属的所有已知种基因组在线杂交（DDH）值均低于阈值70%,HT111-2T和HT170-2 DDH值为99.2%。（4）细胞成分分析:细胞主要脂肪酸为C16:0、C18:0、C18:1ω9c、肽聚糖成分的主要氨基酸为丙氨酸（Ala）、赖氨酸（Lys）、谷氨酸（Glu）和天冬氨酸（Asp）。（5）基因组分析:菌株HT111-2T和HT170-2基因组大小分别为2,215,750 bp和2,286,450 bp,编码基因分别为2,082和2,145个,基因组G+C含量均为38.80%。根据基因组COG和KEGG数据库氨基酸比对结果显示HT111-2T基因组中与核糖体转录翻译和细胞生命代谢的编码基因和代谢通路最多。通过NR数据库氨基酸比对分析发现HT111-2T含有6个产乳酸相关基因,5个细菌素相关基因,1个胆酰甘氨酸水解酶基因。综合形态学、生物化学、系统发生学等分析结果,可将从喜马拉雅旱獭肠内容物分离的2株乳杆菌HT111-2T和HT170-2鉴定为乳杆菌新种,命名为徐建国乳杆菌,模式菌株为HT111-2T。结论1.从藏原羚分离到两株条件致病菌海氏肠球菌与医院环境分离的菌株不同。藏原羚来源的海氏肠球菌对13种临床常用抗生素不耐药,携带一个荚膜基因簇,在进化上与动物源性菌株相近。2.从喜马拉雅旱獭分离到两株乳杆菌疑似新种,命名为徐建国乳杆菌（Lactobacillus xujianguonis）,模式菌株为HT111-2T。基因组携带一个胆汁酸水解酶（BSH）基因,多个细菌素相关基因,6个产乳酸相关基因,具有产乳酸功能,其生物学意义有待于进一步探讨。