目前蜘蛛的分类主要是依赖其形态上的特征来划分的,而又由于在蜘蛛中,极少的特异基因能够被扩增和测序,所以目前关于种以上的蜘蛛的分子系统学的研究很少。特别是园蛛科和肖蛸科,除了形态学、生物地理学的研究,其分子系统学方面的研究与其他科的蜘蛛比较起来,要相对少些。为了在DNA分子水平上探讨园蛛科、肖蛸科和皿蛛科中的22个种的系统发育关系,通过PCR克隆测序的方法获得了蜘蛛组蛋白基因H3的序列。以类球腹蛛为外群,用最大简约法、最大似然法、邻接法和Bayesian法构建分子系统树。研究结果表明：园蛛科、肖蛸科和皿珠科聚类为独立的三大支系,并且各科都形成单起源系,园蛛科为第一支系,肖蛸科为第二支系,皿珠科的所有成员聚集为第三大支系。所有的支持率都大于70％。其中在形态学上属于肖蛸科的Leucauge blanda却并入到了园蛛科这一支系中,并与园蛛科中的Araneus alternidens成为姐妹种；而在形态学上属于园蛛科的两个种araneus mitificus和argiope bruennichii并没有在园蛛科这一支系中,而是并入到了肖蛸支系中,其中argiope bruennichii与tetragnatha praedonia为姐妹种,这些结果与形态学上的分类有差异。 本文主要对园蛛科、肖蛸科和皿珠科3个科22个种的组蛋白H3基因的一级结构、二级结构及其蛋白质序列进行了分析结果表明：组蛋白H3基因不存在缺失/插入区,A、T、C、G含量比较平均,变异位点数122,简约信息位点数74。利用RNAdraw软件模拟的二级结构显示：二级结构与分类关系远近没有关联,DNA一级结构高度保守的区段都不分布在二级结构“茎”区。氨基酸水平上不同科间差异比较大,而相同科内的所有成员氨基酸差异不明显(P>0.1)。我们利用DNSP3.0软件计算了系统树每个支序的Ka/Ks比值(Ka/Ks ratios),结果显示：组蛋白H3基因在加速进化现象。