系统发育分析在生物科学和医学领域有着重要的和广泛的应用，而构建系统发育树又是系统发育分析的一个重要任务，如何构建系统发育树成为本文所关注的问题。　　系统发育树的构建一般有最大似然法、最大简约法和距离法这三种方法，其中距离法是通过定义生物序列之间的距离度量、生成距离矩阵来实现的，然而先前的用来构建系统发育树的距离度量有相当一部分并不满足数学上的距离度量的定义，已有学者建议称它们为非相似性度量。本文重点考虑相似度量的一般定义问题。　　受张凯忠教授等人关于相似度量定义的启发，本文首先给出了相似度量的更一般定义，然后对其性质及其与距离的关系进行了研究，最后文章应用上述相似度量以及“相似度越高距离就越近”生成距离矩阵，并用此距离矩阵构建出了较好的系统发育树。证明了相似度量定义的合理性和可应用性。