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自2010年底以来，华南地区出现仔猪腹泻疫情，导致数以百万计的初生仔猪死亡，给当地养猪业造成了巨大的经济损失。然而，针对本次疫情的主要病原及其分子生物学特征、传播途径和致病性等问题目前尚不清楚。因此，本研究就此开展如下工作：1.仔猪腹泻疫情主要病原的确定及其分子流行病学调查2010年11月，从广东省的6个猪场采集60份粪样，用PCR法检测了PRoV、TGEV和PEDV3种病毒。结果显示，单一病毒检出率分别为：PEDV85%，TGEV3%，PRoV3%；2种病毒同时检出率分别为：PEDV和TGEV为1.5%，PEDV和PRV为3%，TGEV和PRV为0；3种病毒同时检出率为0；3种病毒在6个猪场的检出率为：PEDV100%，TGEV16.7%和PRoV33.3%。上述结果表明，引发此次仔猪腹泻疫情的主要病原为PEDV。2010～2014年间，从广东等6个省份的190个猪场采集3101份粪样，采用RT-PCR法检测PEDV；选取40个发生严重PED疫情的猪场，分析地理区域、猪场规模与产房仔猪PED发病率与死亡率之间的关系。结果显示，PEDV在猪场和样品中的检出率分别为93.2%（177/190）和64.9%（2012/3101）。40个猪场PED平均发病率为62.7%，死亡率为83.5%。广东省猪场产房仔猪PED发病率61.2%，死亡率82.9%；福建、江苏、海南等地猪场产房仔PED平均发病率65.2%，死亡率82.9%；规模猪场（产房仔猪存栏量≥2000头）PED的发病率66.9%，死亡率85.7%；散养户（产房仔猪存栏量＜2000头）PED的发病率49.3%，死亡率74.2%。结果表明，PEDV在我国猪场已广泛存在和流行；产房仔猪PED的发病率与死亡率没有地域性差异，与猪场规模也没有明显相关性。2. PEDV流行毒株的分离鉴定及对仔猪致病性研究采集PEDV阳性粪样，处理后接种于Vero E6细胞，用RT-PCR和IFA法检测并鉴定PEDV；用PEDV分离株感染3日龄PEDV阴性仔猪。结果显示，病毒接种细胞后盲传至第21代出现细胞病变CPE， PCR检测呈阳性，IFA检测可见特异性荧光，确认分离到1株PEDV，命名为CH/GDZJ/11，测定该毒株的TCID50值为10-6.5/0.05ml。分离株CH/GDZJ/11感染仔猪10h后，出现腹泻、呕吐、精神极度沉郁，并伴有脱水和体温上升；感染后第5d全部死亡。剖检可见胃肠道出现典型的PEDV病变，其组织切片可见胃粘膜上皮脱落，肠绒严重萎缩或丢失，隐窝加深，黏膜下层血管和淋巴管管腔扩张。结果表明，PEDV分离株CH/GDZJ/11对初生仔猪具有极强的致病性。3. PEDV流行毒株S、M和ORF3基因的分子生物学特征分析以2010～2014年间69份PEDV阳性粪样为材料，分别扩增PEDV的S1、S2、M和ORF3基因并测序，分析其分子生物学特征。结果如下：与CV777相比，S1在核苷酸水平有107个位点突变，在氨基酸水平有51个位点突变。另外，在其核苷酸的163~178和421~423位插入2个片段，而481~486位缺失6个碱基；CV777S1蛋白含有9个糖基化位点，而流行株含有8个；流行毒株S1蛋白的疏水性在其氨基酸序列的第45~50位、95~100位和125~130位发生了改变。流行株S2基因核苷酸和氨基酸序列共同的突变点有20位和13位。S2片段上含有5~7个糖基化位点；流行毒株CH/FJZZLWM/13， CH/GDMMHZ/13， CH/FJZZLWM/13，CH/GDMMSD/13，CH/GDJMHS/13没有跨膜结构。流行毒株M基因在核苷酸和氨基酸序列上出现一些点突变，没有插入和缺失现象。M蛋白含有1~2个糖基化位点；所有毒株M蛋白均包含3个跨膜结构区域，分别位于20~38位，43~65位和75~97位；与CV777相比，M基因氨基酸序列的10~20位出现疏水性的改变。与CV777相比，流行毒株ORF3核苷酸序列子在247~291位插入一段碱基（TGCCCGCTGCTGTATTATTGCGGCGCGTTTCTGGATGCGACCATT），在其相应的氨基酸序列上的第82~98位插入一段氨基酸残基（YCPLLYYCGAFLDATII）；ORF3蛋白均含有2个糖基化位点，分别是22位NLSL和43位NVTG；ORF3蛋白中均含有2个跨膜结构区域，分别位于41~63位和76~98位；与CV777相比，ORF3蛋白有3个位置出现疏水性的改变。根据PEDV S1、S2、M和ORF3氨基酸序列分别建立系统发育进化树，将所有毒株均可分为两个群，流行毒株与美国毒株和泰国毒株之间的亲缘关系较近，而与CV777、Chinju99、Brl/87及我国早期分离毒株CH/S、LZC亲缘关系较远。4. PEDV传播途径的研究选取3个反复出现PED疫情的猪场（A、B和C），采集精液、空气和乳样，检测PEDV；从B场采集康复仔猪的肛拭子，1次/周，10份/次，持续8周，检测样品中的PEDV。结果显示，精液内PEDV阳性率为76.2%，病毒含量介于101.46copies/ml~103.65copies/ml。A、B和C猪场的空气样品中PEDV检出率分别为0，12.2%和6.7%。待产母猪和哺乳母猪乳汁样品中均可检出PEDV；仔猪痊愈后14d，样品全部呈PEDV阳性，其病毒含量可高达106.58copies/ml；痊愈后49d，50%样品可检出PEDV，其含量略有下降（101.69～103.27copies/ml）；仔猪痊愈后56d，仍有30%样品呈PEDV阳性，病毒含量最低为101.45copies/ml。因此提示，PEDV除了目前公认的“粪-口”传播途径之外，“母猪-乳汁”和“公猪-精液””可能是PEDV潜在的传播途径；另外，空气（气溶胶）可能是促使PED疫情反复暴发的一个危险因素；生产条件下PED病猪康复后仍可持续向外界排毒，持续时间可达56d，这是养猪生产中防控PED不可忽视的因素。