公共工程作为政府固定资产投资的重要形式,为我国经济社会近十几年的腾飞做出重大贡献。公共工程项目治理为研究公共工程提供新的思路,受到学术界广泛关注。本文针对公共工程项目治理中的协作行为,引入演化博弈模型,选取公共工程项目重要参与者业主方和承包方作为博弈主体,基于成本收益考虑,分别构建有无政府参与情况下公共工程项目治理协作行为演化博弈模型,并对模型中影响公共工程项目治理中业主方和承包方协作的关键因素进行分析。分析可知：第一,基于成本收益考虑,在没有政府参与的情况下,公共工程项目项目治理中业主方和承包方共同投入资源是互惠协作的前提、互惠协作的收益高于成本和机会主义收益是双方开展协作的内在动力,同时不能忽视互惠协作收益的分配对项目治理中业主方和承包方协作行为的影响。第二,基于成本收益考虑,在政府宏观调控的情况下,将业主方和承包方作为项目内部统一体。此时,政府对业主方和承包方互惠行为的激励和机会主义行为的惩处有助于公共工程中参与方互惠协作局面的形成,同时降低政府作为时的成本、提高政府作为的效益将有助于树立良好的政府形象。最后,文章在政府参与项目治理协作行为博弈模型分析的基础上,选择财政部PPP综合信息平台的案例,验证政府参与情况下公共工程项目治理协作行为博弈模型的适用性,同时,也为政府职能部门在公共工程项目治理互惠协作局面的形成中积极作为提供方式方法上的参考借鉴。