论文部分内容阅读
目的分析2008-2017年广州市异性性传播人群中HIV-1感染者基因亚型的动态分布特征,探索异性性传播人群中传播簇的传播特征及流行趋势,为广州市异性传播人群HIV防控工作提供思路和参考。方法收集来自广州市2008-2017年新确证HIV-1抗体阳性、现住址为广州市、传播途径为异性性传播的血清样本,提取HIV-1病毒的RNA,采用巢式聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR)法扩增pol区蛋白酶(PR)基因全序列与反转录酶(RT)基因部分序列并测序后,获得pol区基因片段,使用软件工具对基因序列进行编辑、拼接和比对。使用FastTree软件最大似然法构建系统进化树,确定HIV-1的基因亚型,运用Cluster Picker软件识别系统发育树中的传播簇,MEGA软件计算传播簇序列间的基因距离,运用BEAST进行Bayesian系统进化分析,Cluster Matcher软件识别系统发育树中的聚类,分析传播簇的流行趋势。流行病学特征使用SPSS20.0软件进行统计分析。结果1.本研究一共获得1532份pol区基因序列样本,该研究人群年龄范围为15-84岁,平均年龄(39.79±13.603)岁,男性占75.72%,汉族占92.95%,户籍为广东省占45.43%,已婚、初中文化和服务业人群占比最高,分别为42.69%、36.49%和23.89%。2.在本研究人群中,主要亚型为CRF01＿AE(38.84%),CRF07＿BC(34.20%),CRF55＿01B(9.20%)和CRF08＿BC(5.81%),此外还有多种其他亚型和独特重组亚型(URF)。在不同户籍省份,其主要的优势毒株也有所不同,大多数省份以CRF01＿AE和CRF07＿BC为主要毒株。CRF55＿01B亚型在专业技术人员、农民及民工和工人人群中的占比更高(χ2=14.809,P=0.022),URFs亚型在服务业人群中占比更高(P=0.025)。CRF01＿AE、CRF07＿BC和CRF55＿01B亚型的构成差异具有统计学意义,在2008-2017年间,CRF01＿AE构成比总体呈逐年下降趋势,CRF07＿BC和CRF55＿01B亚型的构成总体呈逐年上升趋势。3.对pol区进行序列系统发育分析,根据遗传距离形成209个簇(至少两个序列),成簇率为58.50%,其中最大的传播簇由81个CRF07＿BC毒株组成,次之为78个CRF55＿01B毒株。广州市异性性传播HIV-1人群的流行毒株的变异程度较大,主要亚型CRF01＿AE未能形成大簇。CRF07＿BC最大传播簇的总体基因遗传距离和进化速率较小,不同年份、户籍和人口学特征的病例交错进入传播簇中,没有形成独特的聚集性传播。另一个在CRF55＿01B最大传播簇基因离散率较小,具有高度的基因同源性,且2015年后广东籍的毒株更容易聚集在一起,说明2015年来CRF55 01B亚型可能在广州市异性人群形成快速的地域性传播。4.对10个以上成员的传播簇分析发现一些女性病例在传播簇中的与多个男性病例存在传播关系,CRF07＿BC亚型和CRF55＿01B亚型中发现的传播簇人群具有较年轻、男性占比居大多数和学历水平总体较高的特点,在CRF01＿AE亚型和B亚型的传播簇中存在老年病例之间聚集性的传播。结论1.2008-2017年广州市经异性性传播人群HIV-1的主要基因亚型为CRF01＿AE、CRF07＿BC,此外还有多种其他亚型和URF亚型并存,CRF55＿01B总体呈逐年上升趋势,成为主要亚型之一。提示需要注意该人群中新的重组亚型的出现和流行。2.经系统进化分析,在2008-2017年广州市异性性传播HIV-1人群检出两个规模较大传播簇,其中一个由CRF07＿BC毒株形成,呈分散传播;另一个由CRF55＿01B毒株构成的簇,具有流行时间短,在2015年后形成地域性快速聚集性传播的特点。3.在广州市异性性传播HIV传播簇中,对于与多名男性病例具有密切传播关系的女性病例,传播簇中呈聚集性传播的老年病例应给与更多的关注。