本文以仙居县为主要研究对象，以生态农业理论为指导思想，结合比较优势的相关理论，以发展生态农业，促进仙居农业经济健康快速发展为目标，综合运用了多学科知识和多种研究方法进行了分析研究。借鉴国内外发展生态农业的经验。并从仙居县区位资源情况、经济发展情况、农业生态环境条件、生态农业发展成效入手，借助SWOT分析法和区域优势理论，分析了仙居县生态农业发展中的优势、劣势、机遇和威胁。实地调研，发放1500份问卷调查、统计分析、分析了仙居县生态农业发展的现状及存在的问题，初步提出了发展的对策和措施。得出以下结果：1、通过SWOT分析法，发现仙居县生态农业发展的最大优势是生态资源优势，最大劣势是县域经济基础薄弱，经费投入不足；最大的机会在于三农政策、“生态立县”发展战略的政策支持和农业园区建设；最大的威胁是由于现行的体制、思想观念问题导致未能及时、正确的把握住发展的机遇和对发展道路选择的误判。2、通过问卷调查和统计分析，发现仙居县生态农业发展存在的主要问题：人员整体素质影响，支农资金投入不足，宣传培训力度不够，市场效应难以凸现，产业规模总体偏小，农技服务体系欠缺，政府配套措施不力。3、根据上述的发现，提出以下建议、对策及具体措施。建议：仙居县生态农业发展以杨梅产业为主的高效山地生态农业作为发展基础；对策：推进农业农村经济增长方式由传统粗放型向现代集约型转变，形成生态种养、高山开发、集约转型的山地生态农业格局，构建生态农业体系，发展高效生态经济，以取得最大的生态经济整体效益；具体措施：推进传统农业的发展观念突破；高质量建设以杨梅、三黄鸡、高山蔬菜等为主的特色产业基地；着力建设生态农业加工园区，推进企业集群建设；突出特色农产品加工，培植农产品加工业新的经济增长点；推进杨梅等生态农业精品品牌工作，从强势单项上突破；加强生态农业标准化建设，用农业标准化推进生态农业产业化；加强公益性农技推广体系建设；建立科技创新和示范平台；深入实施现代农业科技培训工程；培育规范化的农民专业合作社，加强农业社会化服务；重点完善农村土地流转制度、农业补贴和农产品价格政策；加大生态农业项目争取力度，强化农业基础设施建设；大力推进新农村建设；加快构建覆盖全体农民的社会保障体系；用现代传媒宣传、推广农业；对生态农业中涌现出的先进单位与个人实行激励机制。