目的:对2016-2018年乌鲁木齐市活禽市场分离的H5N6禽流感病毒(Avian Influenza Virus,AIVs)和从天山北麓分离的野鸟源H1N1 AIV进行全基因组测序及遗传进化分析。方法:2016年10月至2018年12月于乌鲁木齐市活禽市场采集活禽双腔拭子和环境样品,并于天山北麓多个水库采集新鲜野鸟粪便样品,以上样品通过接种鸡胚、血凝抑制试验和AIV PB1通用引物的RT-PCR等方法分离鉴定AIVs,以甲型流感病毒的通用引物扩增病毒基因组的8个片段并进行全基因组测序,应用BLAST、Meg Align、MEGA7.0、Mr Bayes等软件进行序列比对、系统进化和分子特征分析。结果:(1)2016年从家鹅样品中分离获得2株H5N6,简称XJ-H5N6/2016。该病毒除PB2外的7个基因片段均与宁夏野鸟中分离的NX-WB-H5N6和重庆环境中分离的CQ-EN-H5N6病毒株聚为一支,PB2与家禽中流行的H9N2/H7N9聚为一支。其HA裂解位点含多个碱性氨基酸,且存在NS1-D92E突变,为高致病性禽流感病毒(Highly pathogenic avian influenza virus,HPAIV)。该病毒发生的多个突变可能增强病毒的毒力和跨物种传播的能力。(2)2017-2018年从家禽样品中分离获得16株H5N6 AIVs,均为HPAIV,16个毒株分为三支。XJ-H5N6/2017属于Group 2.3.4.4 B,除NA与NX-WB-H5N6和CQ-EN-H5N6聚为一支,其余7个基因片段分别与国内外多个地区雁形目野鸟携带的H5N8 AIV亲缘关系最近,其可能由野鸟携带的H5N8和H5N6 AIV重配产生。XJ-H5N6-017/2017属于Group2.3.4.4C,除PA之外的7个基因片段均与XJ-H5N6/2016对应基因的同源性及系统进化关系一致,而PA与野鸟源H5N6/H5N8聚为一支。XJ-H5N6/2018毒株各基因片段均与广东环境和江苏家禽中分离的以及感染人的多个H5N6 AIV毒株聚在一起。分离毒株发生的多个突变可能增强病毒的毒力、致病力和跨物种传播的能力。(3)从320份野鸟粪便样品中的6份中分离鉴定出流感病毒,阳性率为1.88%,其中1株为H1N1亚型AIV,简称XJ-H1N1,其8个基因片段均源于雁行目野鸭中分离的AIVs,其中表面基因HA和NA均属欧亚谱系,分别源于蒙古国绿头鸭中分离的H1N1和孟加拉国野鸭中分离的H3N1 AIVs,6个内部基因分别源于俄罗斯西伯利亚地区赤膀鸭中分离的H6N8、埃及琵嘴鸭和短颈野鸭中分离的H7N3和荷兰绿头鸭等野鸟中分离的H7N5 AIVs。XJ-H1N1 HA为低致病性AIVs,HA能够结合SAα2,3-Gal和SAα2,6-Gal双受体。HA的T200A、E227A突变和NS1的P42S突变均可增强病毒在哺乳细胞中的复制能力和致病性。结论:2016-2018年乌鲁木齐市活禽市场存在多种亚型H5N6 AIVs,其由野鸟和家禽AIV重配产生;从天山北麓野鸟中分离获得的LPAIV H1N1由迁徙野鸭携带的AIVs经多次重配产生。