【摘 要】
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雷州山羊广泛养殖于雷州半岛地区,是热带地区优良畜种资源,具有耐粗饲、耐湿热等优良特性。雷州山羊体格较小,生长速度相对较慢,出栏胴体重较小。现目前大多数养殖户提高经济收益,以养殖与川中、波尔和撒能山羊杂交个体为主。导致当地雷州山羊群体结果较为混乱,不利于地方品种保种。本研究在湛江地区选取了雷州山羊（17）、川中黑山羊（13）、波尔山羊（14）和撒能山羊（16）四个品种,总共60只,通过简化基因组测序
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雷州山羊广泛养殖于雷州半岛地区,是热带地区优良畜种资源,具有耐粗饲、耐湿热等优良特性。雷州山羊体格较小,生长速度相对较慢,出栏胴体重较小。现目前大多数养殖户提高经济收益,以养殖与川中、波尔和撒能山羊杂交个体为主。导致当地雷州山羊群体结果较为混乱,不利于地方品种保种。本研究在湛江地区选取了雷州山羊（17）、川中黑山羊（13）、波尔山羊（14）和撒能山羊（16）四个品种,总共60只,通过简化基因组测序,分析四个品种遗传结构及遗传多样性,筛选能够甄别该4种品种候选基因,并通过PCR测序方式进行候选基因验证。本研究主要结果如下:1.本研究获取总reads的数量约为333万,总长度为3.395亿bp。有效reads数为45.7万个,总长度为8700万bp,全基因组覆盖率3.35%。有效标签长度为383bp,Q20和Q30质控均在94%以上,满足后续分析需求。2.通过主成分、遗传进化和群体结构分析,发现雷州山羊与川中黑山羊、撒能山羊和波尔山羊能够有效区分,但川中黑山羊和撒能山羊不能有效区分。雷州山羊与川中山羊和撒能山羊遗传距离较近,与波尔山羊遗传距离较远。雷州山羊本个体差异加大。群体结构和进化树表明LZG、CZG和SNG具有相同的祖先,BRG具有不同的祖先历史。3.根据top5%确定的参数组合Fst、πratio的受选择基因,雷州山羊与川中山羊共有670个差异基因,雷州山羊与撒能山羊共有639个差异基因,雷州山羊与波尔山羊共有730个差异基因,该4品种的共同差异基因有109个,其中发生在外显子突变体差异基因共有10个（CDK14、NAV3、AGRE2、LHX3、TTLL6、ADAMTS1、SLOC3A1、KIREEL、DDX59和LOC102180663）。该10个基因可与山羊生长速度和个体体重有关,可作为后续验证的靶基因。4.在4个山羊品种中,通过PCR测序对CDK-14、SLCO3A1和DDX59基因进行SNP分析。在雷州山羊中的SLCO3A1基因未发现连锁不平衡,DDX59基因SNP（G.77862009A/G、G.77862027G/A、G.77862004T/G）在雷州山羊品种中不符合Hardy-Weinberg平衡,存在连锁现象。在撒能山羊中CDK-14、DDX59基因不存在SNP连锁不平衡;在撒能山羊和波尔山羊中,CDK14基因SNP（G.112344014C/T,G.112343688A/T）的卡方检验P＜0.05,表明这些不符合Hardy-Weinberg平衡,亦存在连锁现象。综上所述,中国山羊具有高度的遗传多样性;BRG与LZG、CZG和SNG有很强的遗传差异。通过简化基因组测序能够有效的将雷州山羊与其它3个品种区分开。本研究为雷州山羊鉴别及其筛选遗传分子标记提供新思路,为分子育种提供理论基础参考。
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