贾第虫是可寄生在包括人在内的几乎所有脊椎动物类群的十二指肠的单细胞鞭毛虫，在全世界范围内分布。其所引起的疾病——贾第虫病(giardiasis)被世界卫生组织列为“被忽视的疾病”，可带来严重的经济损失和公众健康问题。在进化生物学领域，该生物也曾一度成为研究热点。因为，一些学者认为它是极端原始的真核生物，可以用来研究真核细胞的起源与进化这一重要的进化生物学问题。但是，另外一些学者认为贾第虫并不原始，它只是一个普通的高度退化的成功的寄生原虫。那么贾第虫到底处在什么样的进化地位呢？根据本实验室的长期研究积累，我们初步形成了这样的观点:贾第虫应该是分化很早的原始真核生物，它的行使细胞基本功能且与寄生生活不相关的各类特征由于受其原本的功能限制并未发生太大的变化，保留了其原始性，这些特征能反映贾第虫真实的原始进化地位;而它的与寄生相关的各类特征应该由于该生物由原来的自由生活转变成寄生生活而发生了次生的寄生适应性改变，这些特征只能反映它的寄生适应性而非其真实的进化地位。以前关于贾第虫进化地位的争议很大一部分原因应该正是没有区分开这两类特征。本论文旨在基于全基因组的分析研究来检验这一关于贾第虫的全新观点。　　基于贾第虫的全基因组数据，本文通过使用同源搜索，结构域分析等生物信息学手段，鉴定了贾第虫的各类重要结构、功能成分，重建了一些重要代谢途径，进而通过分子系统发生分析、系统分布调查，并结合部分实验对贾第虫的原始性与次生寄生适应性进行了全面系统的分析研究。具体的研究结果与结论如下:　　1)鉴于甘油磷脂合成途径在所有真核生物中的保守性，又由于贾第虫生活在食物消化形成的脂类丰富的十二指肠处，它的甘油磷脂合成途径又有可能发生相应的适应性改变。本论文首先选取了甘油磷脂合成途径这一具有典型代表性的代谢途径进行了系统的分析研究。基于基因组数据鉴定了贾第虫的甘油磷脂合成基因，并构建了其多条甘油磷脂合成途径。经与典型真核生物的相比较分析，发现除了lands cycle之外，贾第虫的其它甘油磷脂途径都不完整，尤其是缺少真核生物特异性的酶所催化的步骤。系统发生分析表明:(Ⅰ)其中9个酶与其他真核生物同源物聚在一起，但都从整个真核生物的基部分支出来，这提示它们是从真核细胞的共同祖先垂直遗传下来，但保留了原始性特征。(Ⅱ)三个酶是从厌氧细菌水平转移过来的，明显为贾第虫次生性获得的;(Ⅲ)另外一些酶并不处在所有真核生物的基部，而是落入真核生物类群的内部，且其中一个酶GiLCAT4表现出很长的枝长，提示这些酶在贾第虫中发生了显著的次生性变化。系统分布调查显示:贾第虫中一些酶的缺失极有可能是因寄生生活在脂类代谢中间产物丰富的肠道环境中，不需从头合成或可直接获得所需磷脂而导致的丢失;而另外一些缺失的酶极有可能是因贾第虫的原始性还未进化出来。细胞定位实验表明GiPSD定位于核外围/内质网而不是它的直系同源物Psd1所定位的线粒体，这表明伴随着贾第虫线粒体的退化该酶从原来的线粒体重新定位到核外围/内质网。这些结果表明:贾第虫的磷脂合成途径原本是非常原始的，但在此原始性的基础上由于适应寄生生活而发生了一系列的次生适应性改变（如水平基因转移、酶的丢失及重新细胞定位等）。　　2)为了全面研究贾第虫的原始性与次生适应性问题，本文还对核小体核心组蛋白，DNA复制机器，转录机器，DNA断裂修复系统，腹侧吸盘，糖酵解途径，糖异生途径，精氨酸脱亚胺酶途径，三羧酸循环等许多方面进行了分析研究。结果显示这些细胞机器、结构和功能途径它们大部分均具有原始性和次生适应性两重特性:既具有原始性的基因，又具有次生性来源或发生了次生性变化的基因。但在行使细胞基本生命活动的核小体组成成分，转录起始复合物，蛋白翻译机器中存在的基因所构建的大部分分子系统树中，贾第虫均位于真核生物基部，而在与其寄生生活密切相关的组分如腹侧吸盘组成成分的基因所构建的大部分系统树中贾第虫均不位于真核生物的基部。所调查的贾第虫的代谢途径或细胞组分都显示出较典型真核生物来说要简单得多，系统分布调查发现贾第虫中一部分基因的缺失是由寄生退化造成的（如三羧酸循环中缺失的基因），一部分基因的缺失有可能是因贾第虫的原始性还未进化出来之故。　　本文还对目前已测序的五株贾第虫所共有的鉴定出的92个水平转移而来的基因进行了专门的功能富集分析研究。结果表明这些次生性来源的基因主要富集于贾第虫寄生生活相关的方面，如参与贾第虫抗药性等等。　　综上所述，本文基于基因组的全面系统的分析研究表明，贾第虫确实是一种极为原始的真核生物，在其原始性的基础上因其后来适应次生的寄生生活而发生了一系列的寄生适应性进化。对贾第虫的这种两重性的的认识和甄别具有双重价值:其保留了原始性特征的部分可以用来研究真核细胞的起源与进化问题，而与寄生生活相关的发生了次生适应性变化的部分可以用来研究寄生适应性进化的规律，以便为该寄生虫的更有效的防治提供基础。因此，本研究对于结束贾第虫进化地位的争议、重启其进化生物学和寄生适应性方面的研究具有重要意义。