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对于药品和食品生产行业而言，无菌操作室是非常重要的基础设施之一。监控无菌室内微生物分布和室内优势菌株的分离鉴定是标准生产习惯的一部分。常用的监控方案主要是媒介的使用，例如SCD琼脂法在30℃温度下培养4天。依照欧洲联合会的标准生产要求，可允许的表面接触平板的CPU数量级别从A到B分别是1-5级。而美国药典USP(U．S．Pharmacopeia)中规定的级别分别是100-1000从3到5级。为达到这个要求，无菌室所有的可接触表面包括地板、空气等以及在操作人员的手部皮肤都要经过多种消毒剂进行常规消毒。