中华稻蝗、长翅燕蝗和四川凸额蝗的线粒体基因组全序列的测定及分析

来源 :陕西师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:DEWEN222
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
动物线粒体基因组具有多态性显著、进化速率快、母系遗传和几乎不发生重组等特点,是研究基因结构、功能、转录及表达的良好模型。目前,NCBI中已收录的后生动物全线粒体基因组序列共975种,其中,脊椎动物713种,节肢动物125种。直翅目昆虫只有非洲飞蝗(Locusta migratoria)和东方蝼蛄(Gryllotalpa orientalis)线粒体基因组全序列被报道。对其他直翅目昆虫线粒体基因组的进一步测定及分析,对探讨直翅目昆虫高级阶元间的系统发育关系具有重要意义。本研究采用基于长PCR的二次PCR策略,PCR直接测序与克隆测序相结合的方法,对三种直翅目斑腿蝗科昆虫中华稻蝗(Oxya chinensis)、长翅燕蝗(Eirenephilu longipemmis)和四川凸额蝗(Traulia stal)的线粒体基因组全序列进行了测定及分析,并将其同非洲飞蝗(L.migratoria)和东方蝼蛄(G.orientalis)进行了比较分析。主要结果如下:1.中华稻蝗、长翅燕蝗和四川凸额蝗的线粒体基因组全序列的长度分别为15443bp、15621bp和15768bp,均包括卫3个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和位于srRNA与tRNAnIle之间的AT丰富区。三种蝗虫的线粒体基因组组成与非洲飞蝗相同,与部分节肢动物线粒体基因组组成相比,均存在K、D换位现象。基因组的基因排列紧密,基因间重叠序列总长度分别为65bp、38bp和47bp,且在基因ND4和ND4L,ATP6和ATP8间都存在7bp重叠:基因间隔序列总长度分别为87bp、109bp和117bp,最大的基因间隔均发生于ND1和tRNASer(UcN)之间。2.三种蝗虫的线粒体基因组的碱基偏向性明显,AT含量分别为75.9%、76.0%和74.6%,其中,AT丰富区的AT含量是最高,其次是IrRNA和srRNA,蛋白质编码区最低。3.三种蝗虫的蛋白质基因均使用了典型的ATN作为起始密码子,除中华稻蝗的ND5为不完整的终止密码子T外,均为完整的终止密码子TAA和TAG。4.三种蝗虫的蛋白质编码基因存在明显的密码子偏向性,NNU和NNA的密码子使用频率较高,其中,Leu的UUA使用频率最高。L链第三位密码子的AT含量最高。其中,最大的AT偏向均出现在密码子第二位,而GC出现在密码子第三位。L链对GT丰富的密码子有显著倾向,而H链则略倾向于AC丰富的密码子。5.除tRNASer(AGN)缺失了DHU臂外,三种蝗虫的tRNA均可折叠成典型的三叶草结构。线粒体tRNA的碱基错配主要集中在氨基酸接受臂的3′端,错配类型主要为G-T、A-A和T-T。6.三种蝗虫12S rRNA第Ⅲ结构域和16S rRNA的Ⅳ、Ⅴ结构域的二级结构与非洲飞蝗相比仅存在微小的变化。7.三种蝗虫的AT丰富区中存在6个与复制与转录调控相关的保守模块,分别为Block A、Block B、Block D、Block E1、Block E2和Block F,其中,Block E1和Block E2形成一个同L链复制起始相关的保守的茎环结构。8.将本研究中的三种蝗虫与NCBI中已经发表的直翅目、鳞翅目、鞘翅目、膜翅目、半翅目、食毛目、啮虫目、缨翅目昆虫进行比较分析,获得了一些关于昆虫线粒体基因组的基本结构特征。本研究作为国家自然基金的部分研究内容,首次对直翅目斑腿蝗科的中华稻蝗、长翅燕蝗和四川凸额蝗线粒体基因组全序列进行了测定及分析,从比较基因组的角度对线粒体的基因组成、密码子使用偏向性等方面进行了分析,为深入了解线粒体基因组结构及序列进化特征提供了重要依据,为基于完整线粒体基因组序列探讨直翅目高级阶元间的系统发育关系奠定了基础。
其他文献
胸痹主要与西医学所指的冠状动脉粥样硬化性心脏病(心绞痛、心肌梗死)关系密切。治疗上以补气、养阴、益肾,主要有化瘀、通阳、豁痰等疗法。在临床治疗上多采用西医治疗,但是中医
目的利用一氧化氮(NO)前体—L-精氨酸制作小鼠胃排空障碍模型,预先给以姜黄素灌胃,观察姜黄素减轻小鼠胃排空障碍的作用是否与胃组织中启动慢波蠕动的卡介间质细胞(Interstitial cells of Cajal,ICC)相关信号通路有关。通过检测ICC特异性酪氨酸激酶受体(c-kit)及其特异性配体(Stem Cell Factor,SCF)、钙激活氯离子通道功能蛋白(Anoctamin-1,
近年来留学生教育已成为我国高等医学教育的重要组成部分。在总结同济大学医学院连续两轮药理学全英语教学工作的基础上,结合MBBS留学生特点,从教学内容选择、师资准备、课堂
目的:体外筛选出能与雄激素受体(androgen receptor,AR)具有相互作用的Fas死亡结构域相关蛋白(Fas death domain-associated protein,Daxx)结构域,再将带有Daxx功能片段的真
青年教师是学校的未来和希望,其培养亦是各大高校探索的重点。结合重庆医科大学实际情况,从教学资格的取得、教学能力的提高、科研团队的加入、专业知识的巩固以及青年教师系列
随着交通流量的日益增长,现代桥梁的宽跨比也在增加,同时桥梁结构也日趋复杂化。汽车荷载是桥梁结构所承担的重要活载之一,目前,桥梁结构的活载效应分析主要基于荷载横向分布理论,将空间结构的分析转化为两个正交方向的平面分析,其实质是在一定的误差范围内寻求一个近似的影响面来代替精确的影响面。虽然该方法概念清晰,计算简便,但对复杂结构进行分析往往会带来很大的误差。鉴于此,采用基于空间结构模型的影响面来进行受力
药剂学是药学专业学生的重要专业主干课程,属于理论性实践性结合的综合学科。传统的课程考核方式不能完全体现教学效果,根据国内常用授课方式,结合课程标准和培养方案,对药剂学课
紫外可见光分光光度法因其设备简单准确率高而在分析领域得到了广泛的应用,这种分析方法对于中药的分析也有重要的作用.随着科技的发展生物学,计算机,自动化控制等技术为紫外可见
长期以来,素有"金标准"美誉的诊断病理学一直处于被边缘化的地位,病理从业队伍很不稳定。因此,培养高素质的病理专业人才,提高临床医师和管理部门对病理工作的认可程度是亟待解
位于美国加利福尼亚的Orexigen Therapeutics公司眼下正致力于开发减肥产品,现已有2个先导复方产品进入临床研究,即Contrave(安非他酮+纳曲酮)和Excalia(缓释安非他酮+唑尼沙胺)分别