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糯稻(Oryza sativa var. glutinosae)是栽培稻的粘性变种,具有很高的食用价值和经济价值。云南省是亚洲栽培稻的起源和多样性分布中心之一,也是中国糯稻资源最为丰富的省份之一。为了进一步了解云南糯稻品种的遗传多样性丰度、分布、品种间亲缘关系、籼粳分化以及抗病性情况,本研究以云南糯稻品种为材料,利用SSR分子标记进行了遗传多样性分析;利用籼粳特异性InDel分子标记鉴定籼粳分化;进行了对稻瘟病的抗性评价。取得的主要研究结果如下:1.选用均匀分布于水稻12条染色体的24对SSR(simple sequence repeat)引物,对来自云南13个地州36个县区的150份糯稻品种1500个单株的遗传多样性研究表明:24个SSR位点共检测到158个等位基因,每个位点平均多态信息含量为0.7262,均为中度或高度多态位点。总群体平均有效等位基因数为4.5506,平均香农指数为1.5928,平均期望杂合度为0.7642。云南糯稻总体遗传多样性水平较高。分子变异分析表明糯稻的遗传变异主要存在于品种间(86%),品种内的遗传变异占14%。保护糯稻遗传多样性需要保护较多的品种。滇南、滇东南和滇西南糯稻品种的遗传多样性显著高于滇中、滇东北和滇西北糯稻品种的遗传多样性。滇南、滇东南和滇西南是目前云南省糯稻遗传多样性中心,是保护糯稻资源时应重点关注的区域。聚类分析显示Nei遗传相似系数为0.19-0.99时150份云南糯稻品种存在丰富的遗传变异,但是不能区分地理分组。2.用28对籼粳特异性插入缺失(insertion deletion, InDel)引物和24对简单重复序列( SSR )分析云南60份糯稻品种的籼粳分化和遗传变异,结果表明有24份糯稻品种为“典型籼型”,6份为“籼型”,2份为“粳型”,28份为“典型粳型”。聚类分析、主成分分析和基于模型的结构分析均表明糯稻籼粳分化明显,籼糯和粳糯属于两个独立的类群。遗传变异分析表明籼糯、粳糯的遗传多样性均较丰富,且SSR多态性差异不显著。分子变异分析表明糯稻的遗传变异主要来自亚种内(占总变异的74%),亚种间遗传变异占26%,但分化极显著。3.采用温室人工接种方法用云南省的8个稻瘟病菌优势小种对100份云南糯稻品种进行抗稻瘟病鉴定,结果表明,中感以上品种和中感品种分别占到64%和34%,只有2份糯稻品种表现为感病,目前栽培糯稻品种较抗病。