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禽白血病病毒(avian leukosis virus,ALV)的J亚群(avian leukosis virus subgroup J,ALV-J)属于外源性禽白血病病毒,1988年首次在英国发现后,迅速在全世界各地方品种鸡中传播。广西作为我国的养禽大省之一,拥有众多地方优质品种鸡,ALV给广西的养鸡业造成重大损失。虽然许多公司已经开展了禽白血净化工作,但依然会有鸡只感染ALV导致临床疾病的发生。为了解广西开展净化的优质鸡种鸡公司临床发生的白血病病例分离株与净化检测分离株之间的关系,本研究收集了2017-2019年广西A和B两个种鸡公司送至本实验室的种鸡群净化检测的血浆样本以及临床发病的鸡只,分别进行ALV的分离鉴定以及分离株的全基因组序列测定。将收集的样本按常规处理后接种DF-1细胞,细胞培养9d后,使用商品试剂盒对细胞培养物上清进行ALV-P27抗原的检测,挑选S/P值等于或者大于0.2的阳性的样本进一步做ALV亚群的鉴定及病毒株全基因的扩增、测序及分析比较。结果分离到8株ALV-J,其中A公司分离到6株,包括3株净化分离株GX17LZ01、GX18LZ01和GX19LZ01及3株临床病例分离株GX17LZ02、GX18LZ02和GX19LZ02。B公司分离到两株,包括一株净化分离株GX19YL01和一株临床病例分离株GX19YL02;8株分离株基因组全长在7 478-7 629 bp之间,毒株间核苷酸序列相似性为94.4%~99.8%,分离株与ALV-J参考株相似性为86.1%~96.8%。根据核苷酸序列形成的遗传进化树显示,8株分离株与ALV-J参考株处在同一个分支,亲缘关系较近,而与其他亚群的参考株位于不同的分支,亲缘关系较远。A公司分离到的净化检测分离株GX17LZ01、GX18LZ01与3株临床病例分离株处于同一小的分支,其gag、pol基因比较保守,env基因之间核苷酸序列相似性高达97%以上。另外1株净化检测分离株GX19LZ01与A公司其余5株分离株处于不同的小分支上,属于重组毒株。B公司的净化检测分离株GX19YL01与临床病例分离株GX19YL02之env基因的核苷酸、氨基酸序列的相似性相对比较低,在93%~95%,而临床病例分离株GX19YL02属于重组毒株。8株分离株gp85的变异区主要集中在hr1、hr2、vr3区及新的变异区xr1、xr2,4株净化检测分离株与临床病例分离株GX19LZ02的119位点均发生突变(119S/119T)。对分离株3’UTR区的分析发现,临床病例分离株GX19YL02与原型株HPRS-103一样均具有完整的E元件,而其他7株分离株的E元件均存在碱基的缺失。分离株U3区的分析比对发现,分离自A公司的净化检测分离株GX17LZ01、GX18LZ01与临床病例分离株GX17LZ02、GX18LZ02和GX19LZ02的U3区均存在一个连续11个碱基的缺失,该缺失没有对转录调控元件的完整性造成影响。本课题研究结果表明,8株分离株均为ALV-J;A公司的分离病毒株除了净化检测分离株GX19LZ01与A公司其余5个分离株来源不相同外,其他毒株来源相同,说明引起该公司临床发病的毒株仍是种鸡群未净化干净的毒株所致。B公司的临床病例分离株GX19YL02与净化检测分离株GX19YL01来源不同,说明临床的发病不是由种鸡群净化未彻底的病毒株所致。