近年来,随着国家对科学技术发展的重视,建设研究型大学已经成为高等学校建设的目标之一,科研在高校中日益受到重视。国家对高校科研事业的支持力度也不断提高,2017年全国研究与试验发展(R&D)经费投入17606.1亿元,同比增长2.35%。随着科研经费投入的不断提高,科研经费的使用及管理问题也日益受到社会的关注,如何基于公平原则分配科研经费、如何实现科研经费产出的最大化、如何提高科研管理的绩效水平不仅具有现实意义,同时也具有极大的理论研究价值。本文针对高校科研经费管理绩效评价的目标,结合平衡计分卡的理论,从财务维度、顾客维度、内部流程维度以及学习与发展维度构建评价指标,通过构建高校科研经费管理绩效评价体系,对高校科研经费使用情况进行了绩效评价,发现了高校科研经费在使用过程中存在的问题,以期更好地服务于高校科研工作的开展。通过构建基于平衡计分卡的高校科研经费管理绩效评价体系,结合模糊综合评价法(FCA)以及数据包络法(DEA),本文对T市10所高校科研经费的使用情况进行研究,发现高校科研经费管理存在着预算编制不合理、管理及监督机制僵化、科研成果转化率等问题。针对上述存在的问题,本文提出了建立高校科研成果转化管理和激励机制,构建科研经费协同管理机制,建立科研经费管理绩效评价和监督问责机制等建议,以期改变过去流于形式的项目管理制度,真正将绩效评价纳入科研项目管理过程中,使科研经费真正发挥应有的作用。