玉米是世界上重要的谷类作物之一,在食品和工业中具有广泛用途。我国玉米种植分布范围广泛但不均匀。研究玉米自交系的遗传多样性,确定其亲缘关系远近,可为玉米的新品种选育工作提供依据。同时高产是玉米育种的首要目标,玉米产量性状的遗传改良是其遗传育种研究的热点之一。本研究以172个玉米自交系为供试材料,利用分布在玉米10条染色体上的的115对SSR标记对供试材料的遗传多样性进行了分析。同时在分析供试自交系群体结构和连锁不平衡的基础上,利用关联分析方法对供试材料的10个产量相关性状与SSR标记进行了分析。从而为玉米自交系的进一步改良提供依据。研究结果如下：(1)选用115对均匀分布于玉米10条染色体上的SSR引物,在所有供试材料中共检测出644个等位差异片段,单个引物扩增的差异片段变化范围为2—15个,每对引物平均检测出5.6个。所有标记位点的PIC平均值为0.59,单个引物PIC值的变化范围为0.18-0.91。所有位点基因多样性的变化范围为0.20-0.92,平均值为0.64。其中umc1880的PIC值和基因多样性值最高,分别0.91和0.92。(2)基于群体混合模型进行群体结构分析172份玉米自交系可分为5个亚群,运用PowerMarker3.0软件计算个亚群间的Nei’s遗传距离。结果发现亚群二与亚群五之间的遗传距离为0.3981,为最大值。由此看出我国地方玉米品种与起源于热带地区的玉米品种亲缘关系较远。(3)玉米115个SSR位点的6555种两两组合中,无论是线性的组合还是非线性的组合,均存在一定的连锁不平衡现象。其中基于统计概率(p<0.01)的不平衡位点占总位点组合数的64.30%,测验概率达到0.001显著水平的位点有51.80%；而不平衡程度D>0.5的组合数占总位点数的1.08%。对于整个群体,LD在遗传距离<400cM普遍存在。(4)基于群体结构的关联分析检测与10个产量性状相关联的SSR标记达21个,总位点数为42个；其中与穗重相关联的位点有7个,解释表型变异率最高的为phi420701(0.37),与穗长、秃尖长、穗粗、轴粗关联的位点均为3个,而与穗行数相关联的位点有4个,累计解释贡献率43%；与行粒数和粒重相关联的位点都为5个；与出籽率相关联的位点只有一个,表型解释变异率为0.08；10个产量性状中与百粒重相关联的位点最多,累计解释贡献率为53%。同一位点与多个农艺性状相关联的情况普遍存在,位于8号染色体的标记phi420701与7个产量性状相关联,表型解释贡献率均大于10%,而引物umc1758和umc1231也同时与4个玉米产量性状相关。这42个位点分布在除5号染色体以外的其它染色体上,其中第8、第9号染色体上分布较多。