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本实验以引进的紫扇贝和海湾扇贝为亲本，建立了紫扇贝自交组合(ZZ)、海湾扇贝自交组合(HH)、紫扇贝×海湾扇贝(ZH)和海湾扇贝×紫扇贝(HZ)共4个实验组合。对紫扇贝、海湾扇贝及其杂交后代的线粒体进行研究。通过对紫扇贝12SrRNA、16SrRNA和COI片段的扩增测序，得到的线粒体片段分别为810bp、990bp和1504bp。与10种扇贝建立进化树，结果表明紫扇贝与海湾扇贝的亲缘关系较近。
应用引物COIF和COIR对紫扇贝的性腺和体细胞线粒体DNA进行PCR扩增，获得660bp长度的COI基因片段，应用引物Z001F/Z001R对紫扇贝的性腺和体细胞线粒体12S片段进行PCR扩增，获得544bp长度的12S基因片段。经过比对性腺与体细胞的COI和12S片段，发现性腺与体细胞COI基因及12S基因均为一个单倍型，即体内只有一种线粒体DNA类型，没有发现双单性遗传现象，雌、雄性腺的COI基因和12S基因片段变异率很低（0.45％和0.74％）。根据序列的差异设计各自的选择性引物:H001F/H001R,Z002F/Z002R，前者在海湾扇贝中扩增出521bp片段，后者在紫扇贝中扩增出362bp的片段。同样可以用于杂交扇贝的鉴定。
应用引物COIF和COIR对紫扇贝的性腺和体细胞线粒体DNA进行PCR扩增，获得660bp长度的COI基因片段，应用引物Z001F/Z001R对紫扇贝的性腺和体细胞线粒体12S片段进行PCR扩增，获得544bp长度的12S基因片段。经过比对性腺与体细胞的COI和12S片段，发现性腺与体细胞COI基因及12S基因均为一个单倍型，即体内只有一种线粒体DNA类型，没有发现双单性遗传现象，雌、雄性腺的COI基因和12S基因片段变异率很低（0.45％和0.74％）。根据序列的差异设计各自的选择性引物:H001F/H001R，Z002F/Z002R，前者在海湾扇贝中扩增出521bp片段，后者在紫扇贝中扩增出362bp的片段。同样可以用于杂交扇贝的鉴定。