改革开放以来,中国市场经济体系不断完善,市场配置促使工业集聚现象日趋明显。然而,国内市场的分割与封锁现象仍客观存在,严重制约着专业分工与工业集聚。当前,受国际经济危机的影响,国内市场和工业发展面临着前所未有的倒逼压力和转型契机。本研究原创地构建市场整合与工业集聚指标,采用空间数理模型、计量分析方法和区划布局技术,从四个方面较系统地思考了该重大转型问题。市场整合与工业集聚是否具有内在发展规律?中国市场整合与工业集聚的发展实践是否具有显著特征、是否符合发展规律?两者是否具有显著的内在作用关系、作用效果如何?如何按照经济规律促使中国市场整合与工业集聚的综合发展和统筹协调?首先,基于空间经济思想的前沿数理模型,构建市场整合与工业集聚的规范分析框架。研究表明,两者具有内生机制却有碍社会公平。具体而言,市场整合能够促使非对称工业集聚结构的内生形成,该结构具有较强的稳定性且能够促进经济增长,但是却将导致持久的地区差距,改善技术效率和谨慎的局部差别政策则可能促使工业集聚扩散和落后地区工业发展。其次,利用神经网络和空间分析方法,构建市场整合与工业集聚的综合指标并分析其空间特征。研究表明,1992—2007年中国的市场整合程度与工业集聚水平均呈现显著的增长趋势,但区域差异和空间集聚不断扩大的非对称结构特征也日趋明显。具体而言,东部市场整合与工业集聚的整体水平基本保持领先且增长较快,中部和西部的整体水平则相对较低,西部某些省份则已经呈现出显著的追赶趋势。再次,利用脉冲响应与方差分析、生产效率分析、面板与空间计量分析,测算工业集聚的生产效率并检验市场整合与工业集聚的内在作用关系。研究表明,中国工业集聚具有生产效率相对落后和全要素生产率绝对增长的显著特征,并且,市场整合与规模、效益和环境对工业集聚的综合发展基本具有显著的正向计量经济影响。具体而言,东部工业集聚的综合效率相对较高,西部则相对较低且内部差异最为显著,并且,东部、中部和西部分别受市场整合与规模、效益和环境相互作用的影响最为显著,同时,需要警惕和调整市场整合与工业规模对西部的显著负向影响。最后,利用区域划分和工业布局方法,结合市场整合与工业集聚内生机制、趋势分析和计量检验的具体结论,明确了综合发展与区域协调的一个总体目标,揭示了综合统筹和效率协调的两种机制,指出了市场整合与规模、效益、环境相互作用的三条途径,诊断出综合区域划分的四类主要问题并提出了具体的针对性建议。本研究建议充分认识和主动利用两种机制和三条途径,把握非对称工业集聚结构的极化趋势,同时强调效率追赶是区域协调的可能性条件,依据市场整合与工业集聚的内在作用效果和显著计量关系,准确诊断并切实解决典型区域的四类主要问题。具体而言：建议转移劣势产业和提升综合效率以应对衰减,建议延伸优势产业和承接梯度转移以实现追赶,建议保障环境质量和改造传统产业以缓解滞后,建议提高整合程度和允许局部差异以逐步统一市场。综合而言,本研究通过理论模型推导出市场整合与工业集聚的内生机制,通过实践总结挖掘出中国国内市场整合程度的显著提高和非对称工业集聚的极化增长趋势,通过计量分析抽象出中国市场整合与工业集聚的内在作用效果和显著计量经济关系,通过区划诊断出难以回避且日趋明显的区域差距和效率落后等严峻问题。面临着转型时期的历史机遇,本研究建议加快提高国内市场整合程度,加快促进工业集聚规模、效益与环境的统筹发展与效率协调。