保税港区是我国改革开放和经济外向型发展的一项重要创举,在目前经国务院批准设立的14个保税港区中,重庆保税港区是惟一一个设立在内陆地区,且兼具“水港”和“空港”两大功能区的保税港区,其不仅具有其他保税港区通常具备的仓储物流,对外贸易,国际采购、分销和配送,国际中转,检测和售后服务维修,商品展示,研发、加工、制造,港口作业等9项功能,享受保税区、出口加工区、保税物流园区相关的税收和外汇管理政策,还因地处两江新区而享受国家级开发区所具备的政策“先行先试”权。享受着多重优惠政策的重庆保税港区,在完成开发建设及招商引资等近期工作规划的同时,一直致力于向自由贸易区转化的研究和突破,而自由贸易区的设立除了具备优越的地理优势、完善的监管条件及良好的经济发展基础外,还需具备科学的行政管理体系及政府管理机制。对于仅设立五年多的重庆保税港区而言,在政府管理机制方面还存在着立法缺位、政企合一模式不适应未来发展需求、地方政府与海关监管职责界面不明、社会事务管理模式有待创新等不足,为了解决这些问题,克服重庆保税港区向自由贸易区转化的障碍,本文重点从政府管理机制角度,通过研究政府管理机制创新的背景及重庆保税港区政府管理机制现状,深入分析重庆保税港区政府管理机制向自由贸易区转化所存在的主要问题和障碍,在借鉴国外自由贸易区和国内其他保税港区发展经验的基础上,针对性的就完善立法、充实保税港区管委会设置、适度海关监管及完善社会管理等方面为重庆保税港区政府管理机制创新和完善提出了科学建议。