高等学校不仅是我国教育主体,更是我国科研主体,高校的科研水平是国家科技水平的集中体现。在一定程度上,纵向科研项目的数量与质量是高校科研水平的象征。如何提高纵向科研项目经费的使用效益,是政府和高校管理层共同关注的焦点。虽然学术界对高校科研经费使用效益评价的研究已有一定的探索,但实际中高校很少进行客观可行的科研经费使用效益评价。因此,结合高校自身科研特点,运用财务数据建立有针对性的科研经费使用效益评价体系,对提高科研经费的使用效率,推动高校科研工作的发展有很大作用。本文首先对国内外关于科研效益评价的研究现状进行了描述,从相关概念和理论两方面对论文的理论基础进行了阐述。通过对常用综合评价方法的比较,确定了采用数据包络分析法(DEA)对C高校近10年间的纵向科研经费使用效益进行评价的基本路线。在评价过程中,结合C高校自身科研特点,首先选取费用项目和科研成果分别作为投入指标和产出指标,进而构建出包含11项投入指标和11项产出指标的C高校纵向科研经费使用效益评价的初步体系。其次运用主成分分析法(PCA)对样本数据进行分析后,提取出3项投入主成分指标和5项产出主成分指标作为新的投入指标和产出指标,实现了对构建的初步评价体系的重组,解决了较少样本数据影响DEA法评价精度的问题。最后运用DEA中的BCC基本评价模型,借助DEAP2.1软件对重组后的指标数据进行分析研究,计算出各年份的纯技术效率、规模效率和技术效率,进而对决策单元是否有效进行了判断。通过对非有效决策单元在生产前沿面的投影分析对其改进方向和改进程度做出了分析。在上述分析的基础上,文章最后给出了提高高校科研经费使用效益的一些建议,并对全文进行了总结。