麻风树是世界上公认的最有潜力的能源植物之一。种质资源收集与评价是高产、优质、适应性广品种选育的必需途径。本研究针对来自于全国6省的219份及缅甸的5份麻风树种质,利用ISSR和SSR分子标记对其进行了遗传多样性分析。在100对IYBC开发的ISSR引物中,选择了15对能很好的扩增且重复性好的引物扩增所有基因型样品。在扩增出的169条带中,有127条带显示了多态性(75.15％),说明中国麻风树种质资源具有较高的遗传多样性。种群遗传分析显示,平均Nei氏多样性(He)是0.19,平均Shannon信息指数(Ⅰ)是0.292,表明其具有较宽的遗传变异度。基于ISSR标记的Nei氏遗传距离所构建的系统发生树表明,中国麻风树种质资源中发生了明显的遗传分化,大多数大陆基因型聚类于一个亚组中(Ⅰa),海南与广东的基因型大多数聚类于另外一个亚组中(Ⅰb)。SSR分析进一步证实了中国的麻风树种质资源具有较高的遗传多样性水平。最后,利用SCR(随机采样逐步取样法)策略确定了一个包含46个样品的遗传多样性核心种质群体,这个核心多样性群体在数量上占初始群体的20.54％,保留了初始群体90％以上的等位基因、多态位点以及多态率。本研究结果表明海南等地的亚热带麻风树种质资源是我国麻风树最重要的遗传资源,通过亚热带和大陆麻风树基因型间杂交,可能选育出优良的麻风树新品种或新种质。