存疑不起诉制度是我国现行刑事诉讼法规定的不起诉制度之一。　　 本文从检察官是如果作出一个存疑不起诉决定开始，分析了存疑不起诉制度在司法实践中存在的问题；介绍了检察机关办案规范中作出的最新的类似于行政行为中的听证程序的公开审查的相关规定。当我们本着一颗正义的心，将该制度放入其所存在的法律体系之中去考量。在此基础上分析存疑不起诉制度存在的正当性在于该程序的设计符合人类对事物认识的规律，是“无罪推定”原则衍生的一项核心制度。在明确了该制度存在的正当性及其理论基础之后，通过把存疑不起诉制度放在法律体系之中去解读，分析存疑不起诉制度在体系中的逻辑位置，认为我国刑事诉讼法对不起诉的分类更为详细和富有逻辑。此外，引申出被学界热议的是否需要赋予两个相关诉讼参与人的相关的诉讼权利，笔者认为即不需要赋予被不起诉人对存疑不起诉决定不服的申诉权；也不需要赋予被害人强制起诉请求权。通过以上层层递进的解读存疑不起诉制度引发了作者自己的思考：存疑不起诉决定并不必然导致国家赔偿；从“疑罪再理”角度分析，认为作出存疑不起诉决定的案件就不能再次进行追诉，程序正义需要被尊重。