新三板现在已成为我国创新型、创业型、成长型中小企业的代名词,因其财务规范化,数据公开化受到众多主板上市公司、投资机构的密切关注。而创新层企业在新三板中尤为抢眼。截止2017年6月30日,新三板挂牌企业11260家,其中创新层企业1390家。当前正值我国经济下行,中小微企业受制于资金不足,管理理念的落后,资源、渠道、信息的欠缺,很容易在企业发展的拐点上因为得不到足够的支持而走向下坡路。而风险投资机构一般对于创新企业的发展和高新技术的研发具有一定的促进作用。为此,研究风险投资机构能否有效的促进以及如何促进企业的发展,具有一定的现实意义。本文选取深圳地区111家新三板创新层上市企业为研究样本,发现其中有投资机构参与的企业共计55家。通过人工收集及网络检索的方式收集111家样本企业在2014年、2015年、2016年三个年度的股权结构构成、投资机构参与情况、经营绩效等多项指标并进行分析。本文研究发现,投资机构参股创新层企业后,企业的绩效情况更好,同时,投资机构的持股比例、投资机构的国有背景及多家投资机构参股被投资企业,对企业的经营状况均产生了一定的正面影响。本文的研究结论对于学界及业界均有一定的指导意义,探索了投资机构的不同特征对企业绩效影响的机理,同时也丰富了针对新三板创新层研究的文献。