部门预算是财政资金在部门间的分配方案，反映了部门公共活动的运行轨迹，是政府和立法机构对预算进行管理和控制的基本框架。我国部门预算改革从2000年开始，在促进预算管理体系的规范性、提高财政管理水平方面效果显著。县级政府是我国最基层的政权组织，它的有效运转直接关系县乡经济的健康发展和基层社会的和谐稳定，但县级部门预算的发展却相对滞后，且随着改革的深入暴露出的问题也愈加严重，已成为县级政府财政管理的重要议题。本文以县级部门预算管理为研究对象，以部门间职能划分理论和和财权事权划分的公共产品理论为基础，深入挖掘我国县级预算的特点，指出县级政府行政级别低、宏观经济决策小，县级预算纵向规模小、横向差距大、综合性强，以及县级财政相对于省市财政的弱势地位对预算管理的制约，接着总结了县级预算管理的现状并重点对现存的弊端进行分析，在管理机制建设、预算编制程序和方法、预算批复和执行以及预算监督方面进行了深层次的探索，最后提出深化县级部门预算改革必须坚持法制化和规范化的原则，以完善机制建设为切入点，规范编制流程，增强预算约束力，拓宽增加预算透明度的渠道，以发展县域经济为核心，提高县级财力保障水平，明确各部门在预算管理中的职能，并在预算编制中引入计算机规范管理，向彻底的“零基预算”转化。