国库集中支付制度是通过建立规范财政资金运行的国库单一账户体系,确保财政资金支付由“中转”变为“直达”的一种公共财政管理制度。国库集中支付制度在高等学校的实施,不仅有利于高校简化预算资金的支出流程,降低高校财务管理风险,而且有利于财政部门通过动态监控系统实时监控高校资金支付情况,提高财政部门预算执行管理的效益和透明度。高等学校的发展不仅关系到我国高层次人才的培养,更关系到我国科教兴国战略的实施。做好高校预算会计管理工作能够为高等学校健康发展保驾护航。因此,对于协调国库集中支付制度与高校预算会计管理制度的关系成为我们不得不面对的问题。文章主要采用定性分析与定量分析、理论研究与案例研究相结合的研究方法。在阐述公共财政理论、博弈理论、委托代理理论、公共选择理论基础上,分析了基于国库集中支付的高校预算会计管理的现状与问题；通过构建基于国库集中支付的高校预算会计管理体系和提出保障体系运行的措施,以解决国库集中支付制度下高校预算会计管理面临的问题；以A高校国库集中支付下的预算会计管理运行实践,对构建基于国库集中支付的高校预算管理体系和保障体系运行的措施的可行性进行了验证。通过基于国库集中支付制度的高校预算会计管理的研究,有利于规范国库集中支付下的高校预算会计核算业务的活动,降低高校财务管理风险,从而促进高等学校健康、有序运营。