微囊藻是一类能在富营养化水体中形成水华的有害蓝藻，并且多数都能产生微囊藻毒素，严重威胁了水生态系统及供水安全，近年来受到了越来越多的关注。常规微囊藻毒素的检测分析方法主要有生物分析法（如小鼠腹腔注射）、物理化学分析法（如HPLC）和生物化学分析法（如ELISA，PPIA等）。但是上述方法均不能用于判断微囊藻的潜在产毒能力。PCR法可以对产毒微囊藻进行检测，但它易产生假阳性。故开发产毒微囊藻的早期监测、分析、预警系统具有十分重要的意义。现代分子生物技术的发展以及基因数据库中的海量信息为我们建立以基因为检测对象的方法提供了可能。本文基于mcyJ序列建立的酶联夹心杂交法可对微囊藻的产毒基因直接进行检测，能有效、快速的用于产毒微囊藻的监测和预警。该论文的主要工作内容和结论有：（1）对产毒微囊藻的mcyJ基因序列进行BLAST分析并构建系统发育树，证实了mcyJ基因在产毒蓝藻种间具有高度的保守性，可用于建立检测产毒微囊藻的分子生物技术。（2）基于产毒微囊藻的mcyJ序列成功地设计、合成了捕获探针和信号探针，并用酶联夹心杂交法对该组探针进行了检验，表明该组探针对于产毒微囊藻的检测具有较高的特异性。（3）基于产毒微囊藻的mcyJ序列建立了酶联夹心杂交法，并对杂交条件进行了优化，通过对实验室培养多株藻种的检测，验证了该法的可靠性和准确性。（4）利用酶联夹心杂交法检测采集于喻家湖、南湖的水样，并结合水样的其他检测指标（总氮、总磷、叶绿素a、藻毒素含量）进行了比较和讨论。