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本文依据《Flora of China》中蹄盖蕨科系统，主要基于云南大学标本馆蕨类植物标本室馆藏标本(PYU)，对蹄盖蕨属80种3变种进行了扫描电子显微镜(SEM)观察，其中:30个种为首次报到;17个广布种进行了不同产地孢子观察;共计观察了114个样。通过全面取样及观察，对每个种孢子的裂缝类型、极面观、赤道面观、极轴长、赤道轴长、周壁纹饰等特征进行了详细记录，旨在从孢子形态显微特征探讨蹄盖蕨属种间及种内个体之间的关系，列出以孢子形态特征差异为依据的分种检索表，并结合目前分子系统学证据对蹄盖蕨属与蹄盖蕨科其他属之间的关系进行分析讨论。得出以下初步结果: 1.蹄盖蕨属孢子均为两侧对称，极面观为椭圆形或卵圆形，赤道面观为豆形或半圆形;单裂缝，裂缝长度变化较大，为赤道轴的1/2、1/3、3/4或几乎与赤道轴等长，孢子大小为39.63(20.93-71.39)×25.13(13.53-44.41)μm。 2.蹄盖蕨属孢子周壁发达，一般具有多层，常常内外形成不同的纹饰，有的较厚，形成脊状、宽脊状、片状等褶皱，在表面联合为网状或不联合;有的较薄，孢子表面不形成粗大的褶皱，而呈颗粒状、蠕虫状、网状、皱状、瘤状、小孔穴状或光滑。其中，小孔穴状和光滑的孢子表面纹饰在本文中属首次报道。不同纹饰之间常存在交叉，所有纹饰大体可分为以下六种类型: Ⅰ.粗大褶皱型(Coarse with wide folds):包括网状褶皱、脊状褶皱、脊状与片状的混合褶皱; Ⅱ.蠕虫-颗粒型-皱状(Vermiculate-Granulate-Rugate):包括蠕虫状、颗粒状和皱状以及三者混合的类型; Ⅲ.细皱状-颗粒-乳突(Rugulate-Granulate-Papillate):包括密被颗粒的细皱状和被乳突的细皱状; Ⅳ.瘤状-颗粒-蠕虫(Tuberculate-Granulate-Vermiculate):分为具有颗粒的瘤状和具有蠕虫的瘤状纹饰; V.具小孔穴的(Foveolate); Ⅵ.光滑纹饰(Psilate)。 3.蹄盖蕨属孢子形态种内差异小，较稳定，种间孢子纹饰多样，孢子纹饰可作为属下分类特征。 4.蹄盖蕨属孢子形态特征观察结果支持以下分类处理:(1)将假冷蕨属并入蹄盖蕨属;(2)将日本蹄盖蕨A.niponicum(Mett.)Hance并入安蕨属，即作为日本安蕨Anisocampiumniponicum(Mettenius)Y.C.Liu。 5.《云南植物志》上将滇南蹄盖蕨A.austro-yunnanenseChing与喜马拉雅蹄盖蕨A.foliolosumMooreexSim独立为两个种，广南蹄盖蕨A.guangnanenseChing与顶果蹄盖蕨A.guangnanenseChingvar.acrocarpum(W.M.Chu)W.M.Chu独立为两个种的处理。