哲罗鱼(Hucho taimen)属鲑形目(Samoniformes)、鲑科(Salmonidea)、哲罗鱼属(Hucho)，是一种大型的珍稀冷水鱼类，也是一种优良的淡水养殖品种。本研究利用微卫星分子标记和D-LOOP区序列分析技术研究了黑龙江流域几个哲罗鱼野生群体的遗传多样性，主要包括以下研究内容：利用20对微卫星标记对9个野生哲罗鱼群体进行了分析。结果表明：9个哲罗鱼群体的观测杂合度在0.0994-0.8882之间，期望杂合度在0.2005-0.8759之间，PIC指数在0.3432-0.5261之间，其中呼玛河群体的遗传多样性较低。群体间的Fst在0.0246-0.2333（P<0.0001）之间，Nm在0.8216-9.9292之间，群体间遗传分化较明显，基因交流少；各群体间的迁移率不一致，迁入率与迁出率不对称，有大群体向小群体迁移的趋势；群体的同胞系比例在27.78%-90.91%之间，说明近交压力较大，可能经历过遗传瓶颈或存在这样的风险；AMOVA分析表明群体间各基因座遗传分化系数的均值为0.1081；聚类分析和遗传组成分析结果均显示呼玛河群体与乌苏里江群体聚为一支，黑龙江中上游群体聚为一支。通过设计特异性引物，采用PCR技术对10个野生哲罗鱼群体共42个个体的mtDNA D-loop区序列进行扩增，测序得到的序列进行比对，发现该42个序列长度变异较小，选取共555bp序列进行比对分析。采用MEGA(version4.0)和DnaSP(version4.0)软件对序列进行分析，结果显示：42条哲罗鱼线粒体D-LOOP序列中，A、T、G、C碱基的含量平均为30.2%，31.3%，15.8%和22.7%，和已报道的其他鱼类的D-LOOP碱基组成类似。42个个体表现为28种单倍型，包括28个多态位点，单倍型多样性指数在0.733-1.000之间，核苷酸多样性指数（PI）在0.00156-0.01444之间。各群体的遗传多样性高低差别较大，其中根河群体（GH）具有较高的遗传多样性而虎头江（HT）、抓吉（ZJ）、海青（HQ）、呼玛（HM）四个江段的群体遗传多样性较低。42个个体的聚类分析也表明，即便是地理位置较近的群体间的基因交流也偏少，群体之间具有比较明显的遗传分化。以上结果表明哲罗鱼资源量的减少已经影响了群体间的基因交流，应该在杜绝对哲罗鱼资源破坏性捕捞的同时加强群体间基因交流，并且利用遗传多样性较高的群体进行人工繁殖和增殖放流来提高各野生群体的遗传多样性，以期达到全面保护野生哲罗鱼种质资源的目的。