土地资源的稀缺性、不可再生性与需求的无限性、排他性之间的矛盾要求我们必须盘活土地资产，提高土地的利用效率，合理优化配置土地资源。农村土地流转便是以市场机制为基础的一种土地资源配置方式。农地流转是不以人们意志为转移的客观趋势，是农村生产力发展的必然结果。农地经营权流转过程是一个新的利益分配过程，不仅涉及到有关法律规定，更涉及到基层政府包括村集体经济组织、农地经营权转让方和受让方、中介组织等各方面的利益分配。在农地流转过程中各方面的利益调整中如何保护处于弱视地位的农民的权益是土地流转的关键问题。现阶段下，各种制度性与非制度性权威对农民权益的侵害，以及国家法律法规的不健全，使农民权益的保障问题显得尤为必要。本文通过对农地流转中农民权益保障有关问题的探讨和研究，将规范农地流转状况，尊重土地承包经营权人的财产权利，保障农民应有的权益，推动“三农”问题的解决，稳定农村的经济秩序和社会秩序，为构建和谐稳定的社会主义新农村起到积极作用。　　 本文从农地流转和农民权益保障相结合的角度出发，在对农地内部流转和外部流转体系做详细分析的基础上，基于产权理论对土地流转中的权益分配进行分析；同时，选取土地流转率较高的新疆库尔勒市为典型调查区域，对库尔勒市农户的土地流转权益保障进行实证研究，着重分析影响农户土地流转权益的主要因素，并通过分析农民权益保障的现状，分析农民权益保障存在的问题，进而分析农民权益受损的根源，从制度、法律、政府等多方面找到土地流转过程中农民蒙受利益损失的主客观原因；最后全面阐述了保障农地流转中农民权益的政策建议，主要是从推动产权创新、落实土地流转收益分配管理、规范农地内部流转行为等方面着手。以期指导实践，保障各利益主体均能获得公平、合理的补偿，尤其是维护农民在土地流转中的合法权益以期在农地流转中，在保护农民权益的同时，也能促进农民收入快速提高。