多序列比对是现代生物信息学研究领域非常重要的核心问题。为了能够比对多种相近物种之间的多条序列，我们迫切需要一种多序列比对工具。当前序列比对的研究主要集中于基因组双序列比对，而有效的多序列比对算法只有少数几个，而其中被公认为经典的软件要属CLUSTAL。本文对CLUSTAL程序中的算法做了详尽的研究。CLUSTAL算法主要分为三个步骤：两两比对，构建向导树和渐进比对，本文主要对其算法中的第一步与第二步提出了一种有效的优化算法。在计算得分矩阵的时候使用Ukk-FA算法来完成双序列比对过程，在构建向导树时使用快速NJ法构建向导树算法，而在第三步进行渐进比对的过程使用原有的CLUSTAL程序中算法，进行多序列比对。在多组真实DNA序列上的多序列集上进行的序列比对实验表明，本文提出算法和原始CLUSTAL程序相比具有精度好，效率高的特点。而在构建向导树的这一步中，实验表明随着序列条数的增加，构建向导树的时间性明显提高。