酸马奶的历史至少可追溯到公元前5世纪。时至今日,亚洲和东欧的一些国家仍然保留着传统的酸马奶制作方法和饮用酸马奶的习惯。酸马奶具有营养含量均衡,利于人体吸收等特点。在蒙医酸马奶疗法中酸马奶被用于治疗肺结核、心血管疾病、消化道疾病和贫血等,效果显著。酸马奶中乳酸菌种类繁多且复杂,研究酸马奶乳酸菌功能菌种的基因组组成和特征,有利于了解其特殊功能的调控机制和表现特殊功能的关键基因。这对食品工业、生物制药以及农业等领域有着重要的意义。本研究是以具有抗菌特性的酸马奶瑞士乳杆菌AJT为研究对象,提取了瑞士乳杆菌AJT的全基因组DNA,建立了500bp和5000bp的测序文库。使用Illumina HiSeq2000和Illumina Miseq测序平台对两个文库进行测序,然后使用SOAPdenovo软件对reads进行拼接组装,并对组装结果进行补洞和优化。最终获得了瑞士乳杆菌AJT全基因组序列,结果显示瑞士乳杆菌AJT基因组大小为2,054, 388bp,GC含量为36.73%。使用GO. COG. KEGG等数据库,对瑞士乳杆菌AJT的基因功能进行了预测。借助G0数据库对瑞士乳杆菌AJT基因组进行功能基因注释,共得到1533个功能基因；采用KEGG数据库对瑞士乳杆菌AJT基因进行注释,累计得到1092个功能基因；而在蛋白数据库COG中该菌株基因组共被注释到功能基因948个。结合基因组组分分析结果和功能注释结果证实瑞士乳杆菌AJT基因组序列中包含Helveticin J基因、HelveticinJ家族蛋白质基因和转运Bacteriocin ABC基因。