社会医疗保险作为社会保障制度的重要组成部分，一直以来受到社会各界的广泛关注。构建完全覆盖、城乡统筹的社会医疗保险体系一直是我国努力实现的重要目标。重庆市作为国家统筹城乡综合配套改革试验区，长期以来一直积极探索、推进社会医疗保险一体化发展，已根据新型农村合作医疗保险与城镇居民基本医疗保险在制度上的相似性，将二险合并为一，统称为重庆市城乡居民合作医疗保险。但由于重庆市位于我国西部地区，城乡二元结构特性所带来的影响仍然十分明显。在新型城镇化不断推进、城乡不断融合的背景下，城乡居民合作医疗保险无论是在发展现状上，还是在运行效率与效果上跟城镇职工基本医疗保险相比都存在着很大的差距，这对重庆市不断推进社会医疗保险一体化发展会产生较大阻碍和不良影响。传统的社会医疗保险评价研究往往只关注众多评价分析环节中的一环，但在错综复杂的当今社会，单从某一方面、单一的角度进行社会医疗保险评价研究已经无法满足医疗保险研究发展的要求，只有从多角度进行全面综合研究分析才能顺应如今的学术研究要求。因此，本着这一研究指导思想，本论文除运用了社会保险学主干理论外，还融合了管理运筹学、财政金融学和社会学的研究分析方法，以重庆市城镇职工基本医疗保险和城乡居民合作医疗保险为研究对象，通过构建社会医疗保险综合评估指标体系对其进行综合评价分析，找出造成两种社会医疗保险运行效率差距较大的具体原因，提出缩小两者之间差距的相关建议，从而为未来两种社会医疗保险的融合及最终实现社会医疗保险一体化提供理论支撑。开展本项研究，不仅对于重庆社会医疗保险发展有着重要的意义，也为全国范围内两种社会医疗保险融合、一体化发展提供了至关重要的探索和案例。本论文首先介绍了研究背景、研究的意义、内容以及路线方法；其次阐述了社会医疗保险的相关概念和国内外相关研究综述；然后根据德尔菲法（专家调查法）先后确定了重庆市社会医疗保险综合评估指标体系的6个一级指标和21个二级指标，紧接着运用AHP层次分析法分别确定了6个一级指标的总权重和21个二级指标分权重，以此为基础，对两种社会医疗保险进行综合评价分析，再根据数据测算结果对两种社会医疗保险的6个方面及总体运行效率进行对比分析并得出结论；最后提出缩小城乡居民医疗保险与城镇职工医疗保险运行效率差距的相关建议。通过构建社会医疗保险综合评估指标体系，对重庆市城镇职工基本医疗保险与重庆市城乡居民合作医疗保险进行了综合评价分析，经测算数值发现，两种社会医疗保险的运行效率与效果存在着较大的差距。造成二者之间差距较大的主要原因是两种社会医疗保险的基金筹集效率和医疗资源存量及使用效率的差距较大；另外，两种社会医疗保险在资金运营、保障程度、制度覆盖和监督管理方面的差异也对二者运行效率产生一定的影响。针对上述问题，通过大量阅读国内外相关文献资料，同时实地调研了重庆市人社部门、卫计部门相关领导、工作人员以及相关领域的专家学者，听取、记录并整理了他们提出的见解和意见，提出如下政策建议：第一，在制度覆盖方面要继续提高城乡居民参保率，尽快解决重复参保的问题；第二，要提高城乡居民合作医疗保险基金筹集效率，加强对医疗保障立法，积极拓展筹资渠道，逐步改变征缴方式；第三，加强、统一对两种社会医疗保险基金的运营管理，使其做到在单独列账基础上相互调剂，还应该建立医疗保险基金管理评价体系；第四，应当建立健全社会医疗保险监督管理的各项机制，以此控制和防御内外风险的侵害。第五，在优化医疗保险保障程度方面应做到完善医疗保险待遇支付政策，统一社会医疗保险和服务的三大目录，并且充分发挥个人账户的补偿性功能，同时要加快推进异地报销制度；第六，要加快提升医疗卫生事业水平，加大对医疗卫生资源的投入，合理配置医疗卫生资源，应注重医疗卫生队伍建设，同时鼓励民营医院发展。