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目的川贝母是一种价格昂贵、药用价值较高的传统中药材,并且种类繁多,产地不同其药用价值也会有所差异。不同品种的贝母药材的价格差异较大,其中以野生川贝母的价格最为昂贵,因此常有商家掺假出售川贝母来获得高额利润。SSR分子标记具有重复性好、多态性高等优点,利用分子标记在基因层面上对川贝母进行质量控制研究,将有助于提高川贝母遗传多样性分析的准确性,提供更多鉴定川贝母掺假的方式。方法使用Ilumina双端测序技术获得川贝母转录组信息,运用MISA软件进行SSR位点的筛选和分析。合成20对SSR引物,优化PCR体系,筛选出用于后续实验的SSR引物。以不同产地川贝母资源为研究对象,利用SSR分子标记分析其多态性并构建遗传图谱,计算遗传距离并聚类分析其亲缘关系。通过扩增条带比对,将差异SSR分子标记条带进行回收、克隆、测序并设计SCAR引物,应用于不同品种的川贝母与浙贝母、湖北贝母混合物鉴定中。结果本研究对课题组获得的川贝母转录组信息进行了SSR分子标记分析。按照核苷酸的重复类型随机合成20对SSR引物,包括二核苷酸至六核苷酸5种重复类型的SSR存在,通过优化实验,确定了SSR引物扩增的最佳反应体系。从中挑选出7对SSR引物(NO.4、NO.7、NO.8、NO.12、NO.17、NO.18、NO.20),扩增产物条带清晰无拖尾、背景干净无杂带,可用于后续实验。在川贝遗传多样性分析实验中,7对SSR引物对5种不同产地川贝母进行扩增,通过分析其多态性,计算PIC值,构建了川贝母的遗传图谱。计算遗传距离,分析川贝母之间的亲缘关系。5种川贝母品种资源进行聚类分析,在0.49处将太白贝母单独分为一类,说明太白贝母与其他品种的川贝母有较大的遗传差异。通过扩增条带比对,在SSR引物NO.20、NO.4分别找出了浙贝母、湖北贝母与川贝母的差异条带,并在此基础上设计了SCAR引物20-1和4-1,预期将用于浙贝母、湖北贝母混合于川贝母中的掺假鉴定。结论本研究中基于川贝母转录组学开发的SSR分子标记可用于川贝母遗传多样性研究、品种鉴定、亲缘关系鉴定和遗传图谱构建等工作,为川贝母资源保护、质量控制提供理论基础。