绩效评价是新公共管理理论与实践的三大问题之一。中国正处在计划向市场转轨的过程中,上世纪90年代新公共管理运动面临问题在当前中国公共行政领域业已显现。农业科研是一种特殊的公共产品,被称为一种“全球公共产品”,农业科研资源配置属于公共行政范畴。2012年中共中央一号文件明确提出农业科技具有“公共性、基础性和社会性”,提出要下决心突破体制障碍,推动农业科技跨越式发展。在有限财政和国家体制转型背景下来讨论中国农业科研投入绩效评价问题,具有重要理论和现实意义。本研究主要内容和结论如下：首先,分析了农业科研作为公共产品的现实必然性与特殊性,新公共管理的绩效评价思想对农业科研投入绩效评价的适用性,及农业科研投入绩效评价的特点。并对中国公共农业科研体系、农业科研财政投入数量、强度与结构,及其近二十年的发展变化特点进行了梳理。结论认为,农业科研公共产品性质明显,中国农业科研体制改革具有明显的阶段性特征,农业科研财政投入增长快速但稳定性不足。第二,分析了农业科研投入通过科研成果转化促进农业经济发展的作用轨迹及贡献。农业科研投入到促进农业经济发展的过程可以分为两个阶段,即农业科研投入到农业科研成果产出,农业科研成果再转化为生产力。基于脉冲响应函数及方差分解法,实证分析了中国1993年～2011年农业科研投入、科研成果产出与农业经济发展间的因果关系,相互作用过程、强度和方差贡献率。Granger因果关系分析表明,农业科研财政投入与农业经济发展之间存在单向因果关系,农业科研财政投入增长促进了农业经济发展,这种因果关系主要源自农业科研成果与农业经济发展之间的单向因果关系。脉冲响应函数及方差分解分析表明,农业科研财政投入、科研成果对农业经济发展具有滞后的长期正影响。农业科研投入对农业经济发展的影响在第3-4期时最强,农业科研成果对农业经济发展产生的影响在第2-3期最强；但农业科研财政投入对农业经济发展贡献率有限,表现为农业科研财政投入对农业经济发展波动的相对方差贡献率为约50%；农业科研成果对农业经济发展波动的相对方差贡献率为46%左右。第三,以农业科研院所为例,采用Bootstrap-DEA方法,分析了1993年～2010年农业科研投入动态绩效。结果表明：近二十年农业科研投入绩效整体比较稳定,略有下降,但1999年～2002年有一个“深井”式的下跌,2003年恢复到1998年左右水平。说明,近二十年中国农业科研体制的持续改革,为农业科研系统不断注入新的活力,对保持农业科研投入绩效水平发挥了重要作用；但是改革力度和深度还不够,对提升农业科研投入绩效水平作用有限；农业科研体制改革本身对农业科研系统造成短期的冲击,影响改革期的绩效水平。第四,通过分析不同省市和地区农业科研机构的相对绩效,考察农业科研资源在不同省市和地区的配置效率。实证结果表明,各省农业科研存在较大提升空间,与当期技术条件可达到的最优生产标准相比,各省农业科研绩效整体上只达到了71%-80%的水平,其中纯技术效率达到了76%-79%水平,规模效率达到91%-97%水平,近年来规模效率略有下降趋势。不同省市绩效差异显著,差异主要表现在由管理和技术导致的纯技术效率上,但没有持续表现很好或很差的省份。部分地区绩效存在显著差异,从发展角度看,东北和西南地区绩效水平进步较大,华东地区有一定下滑趋势,华北地区从中游水平下滑为最差地区；西南地区规模效率处于较低水平。因此,并非发达地区或高投入地区绩效水平最高,说明在现有管理体制下,部分地区农业科研投入进入边际效益递减阶段。第五,通过分析不同农业院校科研相对绩效,考察了农业科研资源在农林(涉农)院校中的配置效率。基于专家调查法和统计分析构建了符合高校科研工作特点的评价指标体系,实证分析了不同类型、地区和层次农林院校科研绩效差异。结果表明：Bootstrap-DEA方法有效防止了大量单元被高估；增加生源质量、论文他引频次等2个质量指标前后,43所院校排序有较大变化。2009年～2011年,农业院校平均科研技术效率为0.85、纯技术效率为0.87、规模效率为0.98,说明农业院校科研绩效整体水平有较大提升空间,尤其纯技术效率；“985工程”、“211工程”和一般院校之间,“985工程”院校科研投入产出水平均最高,但科研资源占有量居中的“211工程”院校的技术效率和纯技术效率均最高,投入较少的省属院校绩效整体偏低。因此,并非投入最多的单元绩效最高,在现有管理体制下,部分农业院校进入边际收益递减阶段。第六,从科技政策、农业政策和农业科研体制三个角度分析了影响农业科研投入绩效的政策与制度环境因素。科技和农业宏观政策环境是外因,农业科研体制是内因。纵向分析和国内外横向比较分析发现,中国农业科研紧跟国家科技改革步伐,但科技政策中没有体现农业科研的特殊性,科技体制改革没有带来农业科研投入绩效的提升。在农业政策环境方面,“科教兴农”虽然响亮,但是科技工作一直未成为农业发展的重点,农业科技上中下游缺乏有机联系、系统谋划、彻底改革,制约了农业科研效益的发挥。农业科研的公益性质不明确、投入不足、竞争性经费和专项拨款比例过大,一定程度上导致非科研成本上升、研究价值偏移和逐利行为；农、科、教分离,农业部对农科教统筹力和控制力较弱,导致科研与经济发展脱节,影响农业科研经济效益；缺乏科学合理的监督和绩效评价体制,则是农业科研工作半脱离政府和社会经济需求的重要原因。为此,要从明确性质、改革拨款体制、创新管理机制、完善评价机制、培育成果转化与推广市场等方面推进农业科研相关体制改革,努力提高农业科研投入效率和效益。