存神尽性是船山晚年工夫论的核心概念,其背景是气化宇宙论,其基础是气化人性论与身体观。在《张子正蒙注》中“神”概念具有复杂的含义,“神”首先是气之神,有三个层次的内涵。第一,神是气之聚散变合难以测度的状态;第二,神是气的健顺之性,气絪缊不息、阴阳变合、创生万物的根据与动力;第三,神是气化产生人物过程中的气之运行与聚合。在气化宇宙论的模式下,人的形体也是神为之变易,同时神随气化成形而内在于人,凝为人之性而涵于心。船山的人性论思想也可以称之为气化人性论,性是气化的环节,万物皆有性,性非人之独,而性善是人之独。并且人之性由于气化过程而呈现出层次结构,天地之性在人成形以前既有,气质之性在人成形以后产生。因此,人性论就呈现出初凝则定与日生日成的特征。由于船山从气善来说明性善,其性善的证成也存在一定程度的困难,在恶之来源的问题上也表现出一定程度的矛盾。存神工夫包涵澄心摄气与涵泳义理两个内容。从澄心摄气来看,船山吸收了内丹学的思想,以气化宇宙论为背景,构建了一个魂魄神气意一体的身体观,并阐明了“化气为神”的存神工夫,澄心摄气具有养生的意义。涵泳义理则是通过心与感官对外物的探究以认知物之理则,以心循理。涵泳义理的实质是道德实践。澄心摄气与涵泳义理分别作为养生与养德而有其意义,但是在二者的关系问题上,即从养生向养德的转化上存在困境。尽性工夫以性的层次结构为基础,包涵尽心以尽性与践形以尽性两个内容。尽心工夫要求发明心中的本知与良能,强调志意之分,同时化去成心,而以心中之性理为体,以万物为用。践形工夫的对象是现实的感性身体,船山在气本论下给予声色臭味与视听言动一定程度的合理性,要求感性欲求的合理满足,一定程度上认可感性认识的意义,不过依然要求气质之性从属于天地之性。对人而言,存神尽性工夫的首要意义是道德修养,同时具有身体养生的意义,又在一定程度上具有认识论的意义。对天而言,存神尽性工夫意义是“为功于天”,凸显出人对宇宙的责任意识。