股东协议指公司的股东之间协商达成一致或共同与公司达成一致的协议。实践中，大量的有限责任公司以股东协议作为约定公司经营管理事项的治理工具。基于传统的公司法理论，公司自成立起即具有独立的法人人格，应当根据公司法规定的公司章程、股东会决议或董事会决议等组织规则形成公司的意志，其核心地位不得被股东之间内部协商一致形成的协议所取代。循此逻辑，公司法并不认可股东协议所具有的组织规则的属性，股东协议所创设的权利和义务以及股东协议对公司经营管理事项进行约定的效力往往遭受强烈的质疑。然而，股东协议在有限责任公司治理中具有不可忽视的作用。理论上，有限责任公司所具有的内在冲突、矛盾的本质决定了股东协议存在的合理性，而实践上中小企业发展的变化又反映了股东协议在有限责任公司治理中的现实需要。在各国公司法逐渐认同股东协议的公司法属性的背景下，我国公司法面临着重新审视股东协议在有限责任公司治理中作用的重要议题。本文主要分为导言、正文与结论三个部分。导言部分，主要介绍了股东协议在传统公司法理论中被忽视的重要地位，以及该议题在我国的重要实践意义。正文第一部分，主要从资合公司或人合公司、法人人格或公司合约、组织规则和成员合同三个维度探讨有限责任公司所具有的内在冲突、矛盾的本质，并结合有限责任公司制度产生的历史背景和中小企业发展的变化，反思公司法长期以来为寻找适合中小企业发展的公司类型的路径，肯定公司法认可股东协议在有限责任公司治理中作用的积极意义。正文第二部分，基于有限责任公司的本质特征，讨论股东协议的基础概念、法律性质、和组织规则的区别，并重点分析市场中常见的股东协议的主要条款，包括股权转让限制、股东表决拘束、公司组织调整和公司僵局突破条款。正文第三部分，重点分析股东协议的效力，包括对股东内部的效力以及对公司、协议外其他第三人的外部效力，并参考和借鉴了美国有关股东协议公示制度的立法实践。正文第四部分，主要研究股东协议的效力边界，包括强行性规定与公序良俗、经营权集中的干预、公司形式的实质性变更以及少数股东权的保护等。结论部分，总结和概述了全文的观点和研究结论，并再次强调了有限责任公司制度作为适应中小企业发展的公司类型，应当最大化地满足其对灵活、个性的公司治理环境的要求，公司法应当允许股东协议在特定情况下对公司经营事项约定的效力，肯定其在有限责任公司治理中的重要地位。