随着质谱技术的进步,基于液相色谱串联质谱联用(LC-MS/MS)的分析技术,已经成为鸟枪法蛋白质组学研究中的最常用技术之一。在实验时,先将实验样本用相关蛋白酶水解成肽段,再将处理后的肽段混合物,经LC-MS/MS检测得到原始质谱数据。这些原始质谱数据,需要相关软件处理分析,才能知道原样本中的肽段、蛋白质是什么,这一步骤即质谱数据的定性。现行的定性方法多是基于蛋白序列理论库进行定性分析,如软件Mascot和X!Tandem等。但是这种方法有自己的局限性,比如该方法十分依赖于蛋白序列库、忽略理论谱图与实验谱图的差别、谱图鉴定率低等。针对上述问题,本文详细探究了基于二级谱图的定性流程(DDA采集模式下),对流程中的步骤逐一做了详细论述,以便了解现有定性方法中的关键步骤。在此基础上,对现有流程方法进行改进,提出了一套新的定性方法(SpectraMatch),该方法是基于已知的实验谱图库进行定性的,不同于蛋白序列搜索,这种方法让实验谱图之间直接进行比对,以此来进行定性分析。经验证,从肽段、蛋白和生物学意义等层面上,均能证明:本文提出的方法(SpectraMatch)与主流的软件(Mascot、X!Tandem、MSPepSearch 和 OMSSA)有较好的一致性,这证明了本文的探究和本文定性流程的可靠性和正确性。同时,因为本文方法可以轻松地更改参考谱图库,所以相比基于蛋白序列库方法有更强的灵活性。