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壳囊孢属(Cytospora Ehrenb.)真菌是全球范围内重要的林木病原菌,严重影响林木的健康生长。新疆维吾尔自治区地处欧亚大陆腹地,其独特的“三山夹两盆”的地貌特征,孕育着独特的林木资源,典型的温带大陆性气候使得树木腐烂病成为影响新疆林木健康的首要病害,对新疆生态环境的改善和经济社会的发展造成了严重影响。针对新疆地区壳囊孢属真菌的种类缺乏较为系统的研究这一现状,本研究通过对新疆林木腐烂病病害标本的收集,利用病原菌在寄主组织上的危害特征、子座的类型、孔口的数量、腔室的形状及孢子的大小、培养物的性状等形态学特征,结合多基因片段构建不同的系统发育树,分析新疆不同地区、不同寄主上壳囊孢属真菌的种类及其亲缘关系。主要研究结果如下:1、记述新疆产壳囊孢属真菌21种。其中待发表种6种,中国新记录种2种(C cotini、C parastica)。首次在新疆采集到C carbo、nacea、C cinct、aC populinaC pruin.opsis、CC sophoricola 等 5 种壳囊孢属真菌。2、首次发现壳囊孢属真菌寄生于文冠果和金丝桃叶绣线菊等寄主植物上;发现壳囊孢属真菌的国内新记录寄主25个;新增了壳囊孢属真菌在中国的3个地理分布,15个新疆地理分布。明确了金黄壳囊孢菌(C chrysosperma)是新疆地区分布最广、危害最为严重的壳囊孢属真菌,其寄主范围包括14个属的寄主植物。3、明确了新疆壳囊孢属真菌主要的形态学分类依据为腔室类型、黑色界限圈和孔口数量,并将新疆21个壳囊孢属真菌划分为8个形态学类群。基于单腔室这一特征划分出类群I(C pruinopsis);基于有黑色界限圈这一特征划分出类群Ⅱ(C.sp5)和类群Ⅲ(C.cincta、Cleucostoma、C.nivea);基于无黑色界限圈且具有多孔口等特征划分出类群N(C.populina)、类群Ⅴ(C.schulzeri、Chippophaes、C.germanica、C elaeagn.i、C.sophoricolaa)和类群Ⅵ(C carbonacea);基于无黑色界限圈且具有单孔口等特征划分出类群VⅦ(C chrysosperma、Cparasitica、C sp1)和类群ⅧⅧⅦ(C.ambiens、C sp2、C.sp3、C.sp4、C.sp6、C cotin)i。4、基于邻接法(NJ法)分别构建单基因ITS片段和多基因(ITS、LSU、tef-1α)片段的系统发育树,分析得出C.ambiens与C.mali这两个形态特征较为相似的种,通过多基因片段联合能够更加准确的区分,表明多基因片段的联合更适合于壳囊孢属真菌种间的鉴定。5、基于简约法(MP)、贝叶斯法(BI)和最大似然法(ML)构建的多基因片段系统发育树显示新疆壳囊孢属真菌的每个种都具有独立的分支、且支持率较高(99-100%)。然而不同方法构建的系统发育树图的拓扑结构存在一定差异,ML与MP拓扑结构相似,都形成了三个大分支,其中C.cincta独立一支,C.leucostoma、Cnivea和C.sp5等形成一支,自举支持率为100%;BI构建的系统发育树形成了四大分支,C germannica、C.sp6形成两个独立分支。综合多种方法构建的系统发育树在进行系统发育分析时能够佐证结果的可靠性。6、通过对比新疆壳囊孢属真菌的形态学类群与分子系统分支后发现,具有单腔室特征的形态学类群I(C pruinopsis)、具有黑色界限圈的形态学类群Ⅱ和Ⅲ(C.sp5、C.nivea和C.leucostoma)在分子系统发育树上分别形成了独立的分支;在系统发育树上位于同一分支的C ambiens和C sp6同属于具有腔室排列整齐特征的形态学类型Ⅷ。形态学特征与多基因片段构建的分子系统分支的相互验证,能够更加准确的开展壳囊孢属的种类鉴定。