本研究以不同地理群体(鸭绿江、海河、长江、钱塘江、闽江、西江)的斑鳜为研究对象，从核DNA和线粒体DNA两方面，采用AFLP分子标记和直接测序分析技术，研究其群体的遗传特征和遗传分化。 从64对AFLP引物中筛选出8对引物对斑鳜6个地理群体65个个体进行了扩增，共扩增出211条带，其中多态性条带126条，多态比例为59.7％，表明斑鳜具有较丰富的遗传多样性。不同群体内的遗传距离以长江群体最大(6.7％)，闽江群体次之(6.6％)，钱塘江群体最小(3.8％)。群体间的遗传距离明显大于群体内的遗传距离。群体间以钱塘江和鸭绿江群体间的遗传距离最大(42.4％)，鸭绿江和海河群体间的遗传距离最小(13.4％)。AMOVA分析表明，斑鳜6群体间总的遗传分化指数Fst为0.7850，群体间遗传分化极显著(P＜0.01)。聚类分析表明：不同群体内的所有个体均能单独聚支，斑鳜6个地理群体明显分为南北两大类群，鸭绿江群体和海河群体聚为一支，长江、钱塘江、闽江和西江四个群体聚为另一支。群体间遗传距离、分子方差分析、聚类分析以及在不同群体中发现的群体特异性条带一致表明，斑鳜不同地理群体间已产生了明显的遗传分化。 对斑鳜6个地理群体的42个个体的mtDNA控制区进行了序列测定和分析，获得了长度为813bp的同源序列，序列中A、T含量远高于G、C含量，转换明显高于颠换。共检测到116个变异位点，占分析位点数的14.27％；检测到23种单倍型，单倍型频率为54.77％；个体间的平均遗传距离为5.0％，表明斑鳜具有较高的遗传多样性。群体内的遗传距离和不同群体中单倍型的出现频率表明，闽江群体的遗传多样性水平最高，长江群体次之，西江群体最低。AMOVA分析表明，斑鳜6群体间总的遗传分化指数Fst为0.86793，群体间遗传分化极显著(P＜0.01)。用MEGA软件构建的NJ和MP分子系统树显示：钱塘江、长江、西江群体内的个体均能单独聚群，闽江群体未能单独聚为一支，个体分别与长江、西江群体混在一起；6个地理群体的斑鳜分为两大类群：海河群体和鸭绿江群体构成了北方群体；长江群体、西江群体和闽江群体构成了南方群体；而钱塘江群体与鸭绿江群体、海河群体表现有较近的亲缘关系，而与其地理相近的南方群体(长江、闽江、西江)有较大差异。由于鸭绿江、海河、长江、钱塘江、西江斑鳜群体之间无共享单倍型，每一群体均存在大量的特异性核苷酸位点，可为这些不同地理群体间的遗传判别提供依据。 对斑鳜6个地理群体31个体的mtDNAcytb序列片断进行分析，781bp长度的核苷酸序列中共检测到78个变异位点，占分析位点数的9.6％，且碱基替换大都发生在密码子的第3位点；在31个体中共检出15种单倍型，单倍型频率为48.38％；所有个体平均遗传距离为3.6％，cytb基因揭示斑鳜群体遗传多样性水平的能力略低于控制区基因。AMOVA分析表明，斑鳜6群体间总的遗传分化指数Fst为0.93069，除闽江和长江斑鳜群体间的遗传分化不显著外，其余群体间的遗传分化均极显著(P＜0.01)。用两种建树方法所得到分子树的聚类关系基本一致，但与控制区所得的分子树不完全一致，主要表现在：(1)南方群体中，仅闽江群体与长江群体聚为一支；(2)钱塘江群体单独聚为一支。这反映出cytb基因的进化速率、进化方向与控制区不同。 以上研究表明，我国斑鳜不同地理群体间具有较丰富的遗传多样性，群体间已产生了明显的遗传分化。本研究结果可为深入了解斑鳜的遗传特性、斑鳜遗传多样性的保护及开发利用提供重要依据和指导。