为了应对经济全球化挑战,我国作出加快建设创新型国家、创建国家科技创新体系的战略决策。农业高校重点科技创新基地作为国家基础性研究的重要组成部分,在农业科技创新体系中的作用日益凸显。农业高校重点科技创新基地高效运行,有利于促进科研资源优化配置,提高科技创新基地运行效益,激发研究人员的积极性和创新意识,是科技创新基地取得原始性创新成果、提升核心竞争力的重要保障。本文通过实地调查与访谈,分析了农业高校重点科技创新基地运行管理现状,以美国高校农业重点科技创新基地运行管理为借鉴,以作物遗传改良国家重点实验室和旱区作物逆境生物学国家重点实验室为案例进行研究,为农业高校重点科技创新基地的高效管理提出对策建议。全文共分为四部分,第一部分为理论部分,主要探讨农业高校重点科技创新基地的特征,定位其功能；第二部分重点阐述农业高校重点科技创新基地的现状,分析农业高校重点科技创新基地管理的内容以及在管理过程中存在的问题,并对其影响因素进行归纳；第三部分为案例研究,主要对美国高校农业重点科技创新基地运行管理进行概括研究,并以作物遗传改良国家重点实验室和旱区作物逆境生物学国家重点实验室为案例进行深入分析,总结启示；第四部分在前三部分研究的基础上,分别从管理体系、人才队伍、经费筹措机制、开放与合作机制以及文化氛围等方面出发,探讨有效途径提升农业高校重点科技创新基地管理水平,促进其高效运行。农业科技创新基地有其独有的特性,对其运行管理进行研究能够提高管理工作的针对性,特别是将文化、管理理念等软环境和人才、经费、设备等硬环境相结合进行研究,能够优化农业高校科技创新基地内部结构,培育良好的基地文化和更新管理理念,从而实现基地高效运行。