亚洲银链(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙鱼(Hypophthalmichthys nobilis)是典型的滤食性性鱼类,在美国密西西比河造成生态入侵。而且亚洲银鲢和鳙鱼在美国密西西比河大幅度渐渗杂交,不仅鱼的基因组可能发生进化,其肠道微生物也会共同进化,因为肠道菌群与宿主具有强烈相互作用。一方面宿主对肠道微生物具有选择作用,取决于宿主的遗传背景和饮食等因素,另一方面肠道微生物对鱼的的消化,吸收营养,代谢,免疫和生长具有不可替代的作用。本研究将275个亲本纯种银鲢和纯种鳙鱼以及两种杂交后代F1-SB和F1-BS(F1-SB:以银鲢为母本,鳙鱼为父本的第一代杂交种;F1-BS:以鳙鱼为母本,以银鲢为父本的第一代杂交种)肠道菌群样品和1个池塘水样、5个池塘淤泥样品进行高通量测序,结果超过390万16S rDNA细菌序列被检测到。本研究得到如下结果和结论:1)厚壁菌门、变形杆菌门、蓝细菌门、CKC4、浮霉菌门、梭杆菌、拟杆菌门是四种鱼肠道微生物的优势菌。厚壁菌门的相对丰度最高,且在杂交种F1-SB的肠道中的比例(36.61%)和F1-BS的肠道中的比例(29.15%)均高于在两种亲本肠道内的比例(亲本纯种银鲢:27.47%;亲本纯种鳙鱼:27.17%)。厚壁菌门中的乳球菌属,变形菌门中的气单胞菌属,浮霉菌门的Pirellula、Rhodopirellula在四种鱼肠道内的相对丰度均非常高,这些菌属具有特定的功能。气单胞菌属等这些纤维素降解细菌在肠道中的高丰度表明肠道微生物可能在帮助宿主消化浮游植物中具有重要作用。2)亲本纯种银鲢和鳙鱼肠道菌群部分重叠(取决于两者基因组的相似性),也具有一定程度的分化,两者肠道中存在着承担特定功能的不同菌种(取决于两者的营养生态位的差异),梭杆菌比例在亲本纯种鳙鱼肠道中相对丰度最高,而蓝藻菌门在亲本纯种银鲢肠道内相对丰度最高,这与两者食性是一致的。3)两种杂交后代F1肠道中杂糅混合了亲本鳙鱼和鲢鱼肠道中的分类和功能上不同的肠道微生物。杂交种F1肠道内比亲本银鲢拥有更丰度的蛋白酶产生菌,比亲本鳙鱼拥有更大比例的纤维素降解细菌。而且相比于亲本,它们肠道中具有更多比例的未分类细菌被检测到。由此推测杂种相比于亲本具有更大范围的饮食资源。鳙鱼和鲢鱼之间的种间杂交可能会通过扩展食物资源谱系,增强与本地物种竞争食物的能力,从而增强生态入侵潜能。总结,亚洲银鲢和鳙鱼的本身的遗传特性促使它们在密西西比河建立种群,而随后广泛的种间杂交促进它们肠道微生物适应进化,这又可能增加它们的遗传弹性和生态适应性。我们的研究结合基因组特点,通过肠道微生物揭示鲢鱼和鳙鱼大幅度杂交所产生的更强的入侵潜能。