国家科技奖励制度是我国科技政策的重要组成部分,是国家对科技发展实施宏观调控的重要杠杆。经过60余年特别是改革开放30年来的不断摸索改进,国家科技奖励制度日臻完善,已设立了国家最高科学技术奖、国家自然科学奖、国家技术发明奖、国家科技进步奖和国际科技合作奖等五个国家级科技奖项。国家每年投入了数亿元用于科技奖励事业,加上人力和物力等其它有形和无形的投入,更是一个庞大的数字。然而与数额巨大的投入相比,国家科技奖励制度的产出却显得差强人意,带来的科技效应、经济效应和文化效应也很有限。因此,对国家科技奖励制度的运行绩效进行评价和优化,有利于激励科技工作者的积极性和创造性,引导国家科技奖励制度朝有利于满足社会需求的方向去发展。国家科技奖励制度运行绩效评价的理论基础主要涉及科技奖励的本质、科技奖励的效应、科技奖励的功能、科技奖励的结构体系、科技奖励的控制方式以及运行绩效评价的流程和方法等。国家科技奖励制度在经过起步与探索、恢复与发展及改革与完善三个阶段后,已经建立了一套完整且相对固定的运行程序,主要包括推荐、评审和授奖三个环节。国家科技奖励制度运行绩效的影响因子主要包括奖励设置的合理性、奖励客体的协调性、奖励时机的恰当性、评奖资格的严格性、激励方式的有效性、评审力度的大小、评价指标的科学性及工作安排的规范性等八个方面。其中奖励设置的合理性、奖励客体的协调性与工作安排的规范性三个影响因子的变化方向与运行绩效的变化方向相反,其它五个影响因子的变化方向与运行绩效的变化方向一致。国家科技奖励制度运行绩效的评价指标可分为奖励投入和奖励产出两大类,其中奖励投入可从人力资本、资金投入和设备投入三个方面来衡量,奖励产出可从获奖项目数、获奖人员数和奖励效应三个方面来衡量,每个二级指标下面又包括若干个三级指标,本文采用群组层次分析法和yaahp 0.5.2软件计算和确定了每个评价指标的权重系数。国家科技奖励制度1979-2009年的运行绩效都没有同时达到技术有效和规模有效,即奖励投入存在冗余现象,而奖励产出相对不足；从奖种来看,无论是从获奖项目的角度还是从获奖人员的角度来看,奖励成本最高的都是国家自然科学奖。换个角度来说,在奖励投入一定的情况下,国家自然科学奖的获奖项目数和人员数都应该得到增加。从各个奖励年度的松弛变量来看,投入指标中冗余现象较严重的是人力资本和资金投入,而设备投入相对不足,说明科技奖励的现代化和信息化程度亟需提高；产出指标中获奖项目数、获奖人员数和奖励效应都有增加的空间。提高国家科技奖励制度运行绩效的一种思路是在保持现有奖励产出不变的前提下,尽量减少奖励投入的冗余现象,包括人力资本、资金投入和设备投入的减少等；另一种思路是在保持现有奖励投入不变的前提下,尽可能地增加奖励产出,如增加颁奖项目数或人员数、提高奖励效应等。但是,运行绩效的优化不是单个影响因子或评价指标的改进,而应该立足于整个奖励制度,按照系统论的思想来进行优化。因此,对国家科技奖励制度的运行绩效进行优化,需要加强国家科技奖励制度的改革与完善,提高国家科技奖励制度的信息化水平,改进国家科技奖励制度的质量管理体系。