TIM基因家族及PTGDR基因多态性与中国汉族人群哮喘的相关性研究

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[研究背景]人类T细胞免疫球蛋白域和粘蛋白域蛋白(TIM)基因家族及前列腺素D2受体(PTGDR)基因分别位于与哮喘连锁的5q33.2及14q22.1染色体区域;对TIM基因家族成员(TIM-1、TIM-3及TIM-4)在小鼠中的同源基因(Tim-1、Tim-3及Tim-4)进行的功能研究提示它们与哮喘变态反应性气道炎症中的主要效应细胞CD4+辅助性T淋巴细胞(TH)的增殖与分化调节有关,并发现Tim-1及Tim-3基因中的主要多态位点可影响小鼠TH2型免疫反应强度及气道高反应性的发生;对小鼠Ptgdr基因进行的功能研究发现卵清蛋白雾化吸入无法在卵清蛋白致敏的Ptgdr基因敲除小鼠中诱发典型的气道炎症及气道高反应性等哮喘表型。上述的遗传学研究及基因功能研究提示人类的TIM基因家族及PTGDR基因很可能作为重要的哮喘易感基因在哮喘发生中起作用,同时已经有关联研究证实这些基因中的某些多态位点在多个人群中与哮喘相关;但是目前在中国汉族人群内尚未对TIM基因家族及PTGDR基因多态位点与哮喘的相关性进行系统研究。[研究目的]利用病例-对照研究方法探讨TIM-1、TIM-3、TIM-4及PTGDR基因内的9个多态位点与中国汉族人群哮喘之间的相关性,这些多态位点分别是:TIM-1基因第四外显子内两个插入/缺失多态(53835397ins/del和55095511delCAA)及第八内含子剪接供体序列附近一单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)IVS8+9G/A;TIM-3基因启动子区域两个SNP T-882C和T-574G;TIM-4基因启动子区域一SNP G-31A;前列腺素D2受体(PTGDR)基因启动子区域三个SNP T-549C、C-441T和T-197C。[研究方法]1.哮喘组与对照组样本收集:在中国汉族人群中收集哮喘患者及正常对照血样并提取基因组DNA。所收集的哮喘患者均符合支气管哮喘诊断标准;正常对照均无过敏性哮喘及其他过敏性疾病症状与病史,并排除肝、肾疾病。2.基因分型,基因型及等位基因频率统计:分别利用适宜的基因分型方法在哮喘组与对照组所有个体中对各个多态位点进行基因型分析,共采用了聚合酶链式反应-聚丙烯酰胺凝胶电泳(PCR-PAGE)、聚合酶链式反应-限制性片段长度多态(PCR-RFLP)以及四引物扩增受阻突变系统聚合酶链式反应(Tetra-primer ARMS-PCR)三种方法,其中使用PCR-PAGE法分型TIM-1基因53835397ins/del及5509-5511de1CAA位点;使用PCR-RFLP法分型TIM-1基因IVS8+9G/A位点、TIM-3基因T-882C及T-574G位点、TIM-4基因G-31A位点以及PTGDR基因T-197C位点;使用Tetra-primer ARMS-PCR方法分型PTGDR基因T-549C及C-441T位点。根据琼脂糖凝胶电泳结果或聚丙烯酰胺凝胶电泳结果确定个体基因型,计算各位点在哮喘组与对照组中的基因型频率及等位基因频率。3.Hardy-Weinberg平衡吻合度检验:根据Hardy-Weinberg平衡定律计算各多态位点在哮喘组和对照组中的预期基因型频率,利用卡方检验比较观察到的基因型频率与预期基因型频率间的差异,以P<0.05表示差异具有统计学意义。以确定选取的哮喘组与对照组在所研究的各个多态位点均处于遗传平衡状态,具有群体代表性。4.基因型与等位基因分布差异检测:利用卡方检验比较各多态位点在哮喘组与对照组间的基因型频率及等位基因频率差异,以P<0.05表示差异具有统计学意义。若某多态位点的基因型频率及等位基因频率在组间具有统计学差异,说明该多态位点与哮喘具有相关性,反之则与哮喘无相关性。5.单体型构建及单体型分布差异检测:分别在TIM-1、TIM-3和PTGDR基因内利用SHEsis在线软件检验各基因内多态位点间的连锁不平衡状态、构建单体型、计算各种单体型在哮喘组与对照组中的频率并检验单体型在组间的分布差异,以P<0.05表示差异具有统计学意义。[结果]1.TIM-1基因53835397ins/del、5509-5511delCAA及IVS8+9G/A三个多态位点在中国汉族人群中具有多态性,53835397ins/del与55095511delCAA位点处于较强的连锁不平衡状态;三位点在哮喘组与对照组中处于遗传平衡状态,其基因型、等位基因频率及三者所构成的单体型频率在哮喘组与对照组间无统计学差异(all P>0.05)。2.TIM-3基因T-882C与T-574G位点在中国汉族人群中具有多态性,两位点处于完全连锁不平衡状态:两位点在哮喘组与对照组中处于遗传平衡状态,其基因型、等位基因频率在哮喘组及对照组间均有统计学差异(P=0.045,P=0.047),两者所构成的单体型频率在哮喘组与对照组间也具有统计学差异(P=0.047)。3.TIM-4基因G-31A位点在中国汉族人群中具有多态性,在哮喘组与对照组中处于遗传平衡状态,其基因型、等位基因频率在哮喘组与对照组间无统计学差异(all P>0.05)。4.PTGDR基因T-549C、C-441T及T-197C位点在中国汉族人群中具有多态性,T-549C和C-441T位点处于较强的连锁不平衡状态;三位点在哮喘组与对照组中处于遗传平衡状态,其基因型、等位基因频率及三者构成的单体型频率在哮喘组与对照组间无统计学差异(all P>0.05)。[结论]1.TIM-1基因53835397ins/del、55095511delCAA及IVS8+9G/A三个多态位点与中国汉族人群哮喘无相关性,但不排除TIM-1基因其他多态位点可能与中国汉族人群哮喘相关。2.TIM-3基因启动子区域SNP T-882C及T-574G与中国汉族人群哮喘具有相关性。3.TIM-4基因启动子区域SNP G-31A与中国汉族人群哮喘无相关性,但不排除TIM-4基因其他多态位点可能与中国汉族人群哮喘相关。4.PTGDR基因启动子区域SNP T-549C、C-441T及T-197C与中国汉族人群哮喘无相关性,但不排除PTGDR基因其他多态位点可能与中国汉族人群哮喘相关。
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