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小扁豆(Lens culinaris Medik.,2n=2x=14)起源于近东地区,是世界上最古老的自花授粉作物之一。我国虽保存有800余份国内外小扁豆资源,但尚无其遗传多样性研究的相关报道。本研究利用14个形态标记和14个SSR分子标记,对随机取样自国家种质资源库的481份小扁豆种质资源进行了遗传多样性分析,主要研究结果如下:1.形态标记揭示出小扁豆种质资源多样性丰富。共检测到14个形态性状的多态性变异123个,平均为8.79个;平均遗传多样性指数(I)为1.8149。百粒重、单株荚数、单株产量的变异系数大于其他数量性状,但是遗传多样性水平却低于其他数量性状。4个质量性状中,除了粒形表现3种变异外,另外3个质量性状表现出更多的变异,特别是种皮底色的变异类型达13个;变异类型多的质量性状,其遗传多样性指数也高。遗传多样性平均水平,国外群体略高于国内群体;ICARDA小扁豆资源遗传多样性指数最大,其次是我国山西的小扁豆资源。2. SSR标记揭示出小扁豆种质资源多样性丰富。用35对小扁豆SSR引物和110对豌豆SSR引物对440份种质进行扩增,筛选出14对具多态性SSR引物。14对SSR引物共检测出87个等位变异,平均每对引物为6.2143个;遗传多样性指数(I)平均为1.1869。各参试资源群体间遗传多样性差异明显,国外资源显著高于国内资源。基于SSR标记的遗传结构分析将440份参试种质划分为8大组群,组群划分与资源的地理来源明显关联。PCA分析、UPGMA法聚类分析与Structure遗传结构分析结果完全吻合。国外资源群体间遗传距离较远,遗传结构复杂;国内资源群体与之相反。3.基于形态标记和SSR标记的分析结果均显示小扁豆起源地的小扁豆种质具有高的遗传多样性,从而验证了小扁豆起源中心,也是遗传多样性中心的论点。4.从形态标记UPGMA法聚类分析,SSR标记PCA分析、UPGMA法聚类分析及Structure群体结构分析结果推断,中国小扁豆最初可能是从欧洲传入的。5.与形态标记相比,SSR标记技术是研究小扁豆种质资源遗传多样性更有效的工具。