由于地方政府财力与支出责任和事权不匹配,公路受益税在公路建养项目中的一次分配不合理导致地方政府公路建养财力不足,严重影响了地方政府的交通基础事业的发展,不利于区域协同发展。尤其是在电商逐步向农村地区发展的情况下,农村基础设施落后,建养资金不足等一系列问题逐渐成为了阻碍其在农村发展的主要因素。本文以受益于公路的增值税为基础考虑因素,借鉴“因素法”进行专项性一般转移支付的方法,提出以公路建养支出百分比、农村提档升级任务、下级政府财力、快递量,站点数,交易规模等为考虑因素的“新因素”法,以此向上级政府和同级政府之间争取专项性一般转移支付来弥补建养资金空缺的问题,还构建了农村公路建养资金二次分摊来源的新结构:“市级政府转移支付+税收地区政府转移支付”,然后对结构中涉及的市级政府、基建地区政府、税收地区政府和企业构建多方博弈模型。求解得出如下结论:上级政府选择共同转移支付的概率与其对基建地区政府单独转移支付的额度以及税收地区政府在共同转移支付时支付的额度成反比,与基建地区政府自行筹集的养护资金和信息核查付出的成本成正比。税收地区政府是否选择加强监督与纳税企业给财政税收带来的损失成正比,与逃税成本成反比。企业违法的概率和政府监督成本成正比,和上级政府的奖励以及给税收地区政府带来的损失成反比。随着科技的进步,政府监督管理的成本会变小,相反企业要付出更多的成本才能获利,因此企业的最优选择是不进行逃税。然后,结合某市、区的税收背离度情况、公路受益税的关联性以及D区交通财政支出和项目建设资金分摊情况进行实证分析指出博弈是合理的,然后将各级政府的财政支出情况和不同比例系数下两级政府应该分摊的资金进行对比分析,指出超支部分对上级政府和税收地政府富余财力而言占比不大,通过上级政府的单独转移支付就可以分担资金的2%-6%。当超出两级政府的增值税分享额度时,上级政府的最优选择是共同转移支付,并且基建地政府要想获得共同转移支付,可以对上级政府实施以背离度为转移系数,对税收地政府以增值税分享比例作为分摊系数的方法,此时转移支付的资金占比达到了20.6%,最后给出相应的政策建议。