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为了全面掌握鸡肠道微生物群落结构变化，人工感染病原微生物对雏鸡肠道菌群结构的影响以及不同类型病原微生物对菌群的影响是否存在差异，本文应用ERIC-PCR指纹图谱技术，对鸡白痢、新城疫感染雏鸡以及健康鸡的肠道菌群结构特征进行了分子生态学研究。本试验以63只4日龄健康艾维茵鸡为研究对象，随机分为9组，每组7只，分别用于建立鸡白痢沙门氏菌和鸡新城疫病理模型。1-4组分别每天每只滴喂108、109、1010、1011CFU／mL的鸡白痢沙门氏菌1mL，连续灌喂3 d，于5、9、13、17日龄采集粪样；5-8组分别点眼滴鼻法每只点滴，200、150、100、50倍稀释后的毒株F48E8，0.2mL／只，攻毒一次，于5、9、13、17日龄采粪样；第9组（对照组）每天每只滴喂0.9％生理盐水1 mL，连续灌喂3 d，于5、9、13、17、23、28、33、38日龄采粪样。由于粪便成分复杂，不仅含有动物肠道脱落细胞，而且含有未消化的食物、消化酶、黏液、胆盐、胆红素、色素、纤维素及多糖等。因此本试验采用在细胞裂解前先经过差速离心除去大部分杂质后，再使用预冷的丙酮洗2-3次，能很好地将粪便中的色素、多糖及一些有机盐等大量的PCR抑制物除去，然后用蛋白酶K裂解、酚-氯仿抽提，能提取到纯度很高的粪便DNA供PCR扩增。模板电泳结果和PCR反应结果都证实了此方法可靠而高效。以各组肠道样品中提取的细菌基因组DNA为模板，进行ERIC-PCR扩增。采用BioNumeric软件对电泳图谱进行统计分析。结果发现：对雏鸡接种沙门氏菌和NDV后，从整体水平看，ND组的菌群结构比鸡白痢组的菌群结构变化更大。组内成对相似性系数累积曲线分析：小于0.4的Cs（相似性系数）值在ND组占到了67％，而在鸡白痢组占50％。这个结果表明用F48E8，4×105ELD50／只与灌喂鸡白痢沙门氏菌3×1011CFU／只相比，前者使鸡肠道菌群结构失调更严重。在感染初期，NDV对鸡肠道菌群结构的影响比鸡白痢沙门氏菌要小，而随着时间的推移，NDV对正常菌群的影响就更大，且持续时间更长。同时也比较了鸡白痢组内及ND组内个体之间菌群结构的相似程度，结果表明ND组个体之间的菌群结构趋于相似，而鸡白痢组内个体之间的菌群结构差异较大。可能是ND组病情更严重，肠道菌群结失调更为严重，导致菌群结构趋于简单化，所以个体间的相似性概率更大。对健康鸡肠道菌群结构进行了动态监测，表明雏鸡在5日龄时，其菌群结构很不稳定，图谱的数量及其位置在发生比较大的改变；9日龄后这种变化趋势下降，到23日龄后趋于平和，表现在后期的数量及其位置变化较小。这与鸡肠道的主要正常菌群定植规律相吻合，证明采用ERCI-PCR指纹图谱技术可以动态监测动物肠道菌群结构。