近年来,随着我国资本市场的不断发展和完善,新三板市场实现了长足的发展,受到了越来越多的投资者的关注。作为我国多层次资本市场的重要组成部分,新三板市场发挥着关键的承上启下作用,肩负着为中小企业创造融资空间的重要任务。与其他市场不同的是,在新三板挂牌交易的企业多为高新技术企业,这些企业为我国经济发展由高速度向高质量转变提供了新的活力。高新技术企业因其产品附加值高、成长速度快以及利润空间大的特点而获得了大量资本的青睐,A股企业收购兼并新三板高新技术企业等投资活动日渐频繁。因此,如何对新三板高新技术企业进行合理的定价成为了开展投融资活动的关键问题。新三板高新技术企业因具有与传统企业不同的特征使得传统的评估方法在应用时的局限性较大,无法真实的体现企业的内在价值。基于此,本文对新三板高新技术企业价值评估展开研究,以期寻找合适的方法对这类企业进行科学合理的估值,进而帮助投资者和企业管理者进行投融资决策。本文在梳理国内外相关研究的基础上,以新三板高新技术企业为研究对象,首先对新三板高新技术企业的特征、估值难点以及价值构成进行了深入的分析,将新三板高新技术企业的价值构成分为两部分,其一是基于现有资产稳定收益的现有获利能力价值,其二是潜在投资机会带来的不确定价值。然后对传统的企业价值评估方法进行了介绍,并分析其在新三板高新技术企业价值评估应用中的适用性,发现传统评估方法在实务应用中都存在一定的局限性,无法科学完整的评估出新三板高新技术企业的内在价值。为解决这一问题,本文根据新三板高新技术企业的特征和价值构成提出了将EVA模型和B-S期权定价模型结合起来的评估模型,利用EVA模型对新三板高新技术企业的现有获利能力价值进行评估,利用B-S期权定价模型对其潜在获利能力价值进行评估,并对评估模型的适应性和合理性进行了分析阐述。在案例分析部分选取了微创光电股份有限公司作为案例,利用构建的评估模型对公司的内在价值进行了评估,最后将评估结果与市场参考价值进行了对比分析,发现误差在合理范围之内,从而得出该评估模型能够科学准确的评估新三板高新技术企业价值的结论。