公海保护区是国际社会对公海生物资源养护和环境保护从以往的渔业、航运等单一部门管理发展到综合性跨部门管理的有力尝试。目前国际社会已经建立了3个区域性公海保护区或公海保护区网络,为公海保护区建设积累经验的同时,也暴露出公海保护区建设中存在的种种困难,其中一个根本性的问题就是如何处理公海保护区与公海自由的关系,回答好这一问题对构建公海保护区法律框架具有基础性意义。本文通过分别考察公海保护区和公海自由的产生历程、概念界定、国际法依据、理论基础等问题,认为二者的冲突不在于法律层面上公海保护区制度违反了公海自由这一法律原则,而是公海保护区代表的公海治理范式与公海自由理论构建的公海自由范式之间的矛盾,反映了全球海洋治理推进过程中海洋法的革新。具体来说,二者的冲突集中表现在管辖权冲突,权利、利益与价值观念冲突,资源属性与开发模式冲突以及公海管理机制冲突。进而结合二者兼容的必要性和可行性,本文进一步分析了公海保护区与公海自由兼容的程度和方式。程度上,公海保护区应协助各缔约国平衡管理成本和经济利益问题,尊重非缔约国国家领土和主权,通过设立选择性激励措施进一步扩大缔约国数量,建立沟通协调机制以鼓励非缔约方自觉养护公海资源和环境。方式上,针对二者冲突,本文提出了适当顾及沿海国、采用全球模式并加强公海管理机构之间的协调合作、坚持共同但有区别的责任分配机制、调整公海资源属性与开发利用方式、推动建立全人类共同利益价值观念、充分发挥国际软法的作用等具体兼容措施。最后,本文通过考察公海保护区建设对我国的利弊,认为这一制度建设时期是新海洋法秩序革新的关键时期,对我国而言是挑战,更是机遇。因此,建议我国通过为BBNJ协定谈判贡献智慧、强化在区域性、部门性国际组织中的话语权、完善国内海洋保护区建设等方式,积极参与到公海保护区建设进程中,构建符合我国权益和人类共同利益的海洋新秩序。