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本课题以具有遗传倾向的复杂性疾病——冠心病为研究切入点，以第三代遗传标记——单核苷酸多态(SNP)为研究手段选取，涉及脂代谢通路途径的6个冠心病候选基因，在中国汉族人群中对222例CAD患者和128例正常人LIPC基因相应位点进行通用TaqMan探针技术的实时荧光PCR方法，对APOAI基因、APOB基因、APOC3基因、APOE基因、LIPC基因和LPL基因基因编码区、外显子一内含子连接区和内含子区的39个候选位点的高频单核甘酸多态性SNPs进行了检测，并进行基因分型，选择编码区、外显子一内含子连接区和内含子区的SNPs进行了病例一对照关联分析，探讨遗传因素对冠心病的影响，寻找中国人群冠心病易感基因的SNP。LIPC部分位点基因频率和公共数据库中欧美人群差异很大，可能为中国汉族和/或亚洲人群所特有。本研究发现的95个SNPs中，76％的SNPs是常见变异(频率＞10％)，这些在编码区和调控区存在的可能具有功能的常见变异，可用于进一步的基因型一表型关联研究，验证“常见疾病，常见变异”理论。本研究发现在欧美人群中出现的一些多态在本次研究的汉族人群中未检出。可能因为种族差异及样本量不够大。
本课题应用候选基因关联分析策略，采用TaqMan法主要针对脂蛋白代谢6个候选基因的39个候选位点的高频SNPs进行了检测，并进行基因分型，将中国汉族人群分为对照组和冠心病(及亚组)，开展了病例一对照关联分析，研究提示LIPC基因内含子区的一个RS2242064(A/C)多态可能和冠心病发病有相关性。亚组分析发现，RS2242064(A/C)与冠心病合并高血压的发病、与糖尿病的发生均相关。在冠心病组中LIPC(RS2242064)位点AC基因型者和下降的HDL-C、低APOAI水平显著相关。